秦军在这次战争中的参战兵力以及组成，在几乎所有的史书中都说到秦军调动50万大军在屠睢的率领下进攻百越，在《淮南子?人间训》中记载：“秦始皇二十八年(公元前219年)，使尉屠睢发卒五十万为五军，一军塞镡城之领，一军守九疑之塞，一军处番禺之都，一军守南野之界，一军结余干之水“。
史书当中描述的大军是五十万，但是根据一些记载则是则五十万大军并非同时作战的。
在后世的广东和广西的地方志中记载，秦军在开始时期是屠睢一路和赵佗一路这两路一共20万人马最先发动进攻。但是那剩下的30万人是什么时候才开始加入战争的呢?从史书上看，剩下的30万人应该在前线部队陷入战争泥潭，也就是在屠睢写部队缺粮的战报给秦始皇以前就出动了，因为在屠睢写的信中说到了自己的“五十万大军已经伤亡甚重“。
后世根据考证，其中一路秦军开始攻击的是东瓯闽越地区(主要在现在福建)，这路秦军也是五路中最晚才加入两广战场的一路。秦军这50万大军到底是那里的兵为主呢?根据我们湖南等地的地方志记载，秦军这次战争所动用的部队还是以以前灭楚国的部队为主力，但是为了适应南方作战，秦军这50万大军中也有不少于10万人的原楚国部队。
百越军在这次战争中的参战兵力则几乎没有任何史书有比较确切的记载，只能从部分考古资料中看出百越军的人数要远远少于秦军，而且当时的岭南百越基本上为蛮荒之地，交通不便，原始森林密布，自然环境恶劣，所以当时的两广总人口数根据考古学家的估计都不会超过50万，当时能战的适龄青壮年大致在5万人上下，这在不少野史中也有类似“百越土著军人数仅及秦军十分之一“的说法。但是不管怎么样，秦军的兵力是占绝对优势的，秦军为了这次战争的胜利是不惜代价的。
关于战争的经过，秦军五十万大军虽然在兵力上占绝对优势，在装备上更是要远远超过百越部落军队，但是战争的过程却令秦军感到了战前从未想到的艰苦和压力，在战前，秦军考虑到了粮草可能会出现问题，也考虑到了南方炎热的气候对于大部分出生在北方的秦军士兵的不适应。
但是秦军到了两广后才发现，战场环境的恶劣以及敌军的超乎寻常的凶悍顽强都是以前始料未及的，在史书上记载了以西瓯军为主力的百越军队的顽强抵抗，百越军在首领“译吁宋“的率领下与秦军进行了惨烈的激战，秦朝大军步步艰难，节节受挫，损兵折将，迟迟不能进入越人的世居领地。
在战争中，百越军在首领“译吁宋“战死后又马上另选了新的首领，并全线退入山地丛林中与秦军继续作战，百越军甚至不惜与野兽为伍，至死不投降秦军，并且不断对秦军部队进行偷袭，切断秦军粮道，迫使秦将屠睢写信给秦始皇上报说秦军粮草已经不足，秦始皇被迫命令征调大量民工开凿灵渠，沟通了湘江和漓江水系，确保了秦军的粮草运输。
另外秦军还有一个最大的敌人---------炎热的气候，秦军士兵多为北方人，大部分都为现在陕西、山西、河南等地人，不适应南方炎热的气候，士兵中瘟疫横行，直接影响了秦军的战斗力。以西瓯军为主力的百越军这时在新首领桀骏的率领下大致在公元前218年左右的时期对秦军发起了反击，秦军大败。
根据《淮南子》记载，秦兵“伏尸流血数十万“，而秦军总指挥官屠睢也在现在的广西桂林一带被一支百越军夜袭部队击毙，迫使秦军“宿兵无用之地，进而不得退“，惶恐不可终日，以致“三年不解甲弛弩，使监禄无以转饷“，双方一直处于相持对抗的局面。而根据学术界讨论，秦军的阵亡在30万人上下，剩下的20万人全部退到两广的北部边界一带，但是百越军的伤亡同样十分惨重，也没有力量继续发动进攻，双方形成了对峙局面，而且一对峙就是3、4年时间。
但是这一路秦军的伤亡人数很有可能只不过是数万到十多万而已，因为在这个推论当中，每一路进攻百越的秦军官兵人数不过二十万，《淮南子》的尸横几十万的描述，张嘉师自己就表示呵呵哒。
一直到公元前214年，秦始皇在灵渠粮道全面开通且粮草充足之后，征集“诸尝逋亡人、赘婿、贾人为兵“(大概是商人和囚犯等人)近10万加上原先剩下的20万秦军部队，秦军再次集中了30万大军向百越军发动了最后的总攻。
这时的百越军，根据不少野史记载，仅仅只有数千人而已，从这里也可以看出在此前的反攻作战和3、4年的武装对峙中，百越那区区几万人马早就被耗尽了，最后秦军几乎未遇到大的抵抗就占领了全部岭南，并设置了南海、桂林、象郡等三郡，这已经算是第二次秦攻岭南的战争了。
秦瓯战争狭义上说是秦王朝与盘踞在广西的西瓯国的战争，但是实际上应该说是秦王朝与整个南方百越民族的战争，这次战争完善了中华的基本版图。
从此以后，广西和广东成为了中华版图的省份，期间虽然在秦末汉初时期曾经由秦将赵佗建立了南越国而独立出去，南越军在汉初高祖和吕后当政时期也曾经数次击败汉军的进攻，但是南越军同样消耗很大。
在汉文帝时期，南越国撤帝号，与汉朝修好