四月二十九日，李自成在武英殿举行了登基大典，四月三十日，李自成以郊外祭天为名撤出了北京。五月初二，清军进入北京城。
清军占领北京之后，多尔衮严禁抢掠，停止剃发，为明崇祯帝朱由检发丧，博得了汉族士绅的好感，然后迎请顺治小皇帝赴京登基，很快稳定了占领区内的形势。
顺治元年六月，多尔衮与诸王贝勒大臣商议决定，迁都北京。清廷迁都北京既是出于统一中原、雄霸九州的目光，也是基于退可出关外的战略考虑。清廷以多尔衮为首者认为要“以图进取”，必须迁都北京，只有占据这个关口才能进而统一全国，“以建万年不拔之业”。八月二十日，清朝开始迁都。九月，顺治帝从盛京到达北京，封多尔衮为叔父摄政王，赐穿貂蟒朝衣。命礼部为多尔衮建碑纪绩，加赐多尔衮册宝、上饰十三颗东珠的黑狐冠一顶、黑狐裘一袭，金银、马驼等。十月初十，顺治帝在皇极门向全国颁布登基诏书，清王朝正式定都北京，开始了以北京为都城的长达260多年的统治。十月，当顺治帝于太和门重行即位大典加封多尔衮为叔父摄政王的同时，即令为多尔衮建碑纪功，“永垂功名于万世”。从此，在待遇上，多尔衮开始凌驾于诸王之上。
李自成退入山陕之后，原明朝降官降将纷纷反水，但他在顺治元年（1644）六月仍积极准备反攻。另一支农民军在张献忠率领下已建大西国于成都，统一了全川，而多尔衮对此尚不了解。
残明势力已于五月中拥戴福王朱由崧为帝，定都于南京，改年号为弘光，尚拥有中国南部的半壁富庶江山，兵多粮足，构成清朝统一中国的障碍。在这种情况下，多尔衮的战略是：对农民军的主要力量坚决消灭，而对南明政权则是“先礼后兵”。
在此方针领导下，多尔衮先后派叶臣、石廷柱、巴哈纳、马国柱、吴惟华等进攻山西，十月攻陷太原，进而包围陕西。同时，多尔衮派出大量降清的明官对南明君臣招抚，并写信给南明阁臣史可法，提出“削号归藩，永绥福禄”。在南明派出左懋第使团来北京谈判过程中，他将其软禁起来，并不给予明确的答复。此时，清军已于九月占领山东，十月进据苏北，与史可法的军队沿河相峙。
在这种形势下，多尔衮认为全面进攻农民军和南明政权的时机已经成熟，便于十月先后命阿济格和多铎率军出征，向农民军和南明福王政权发起了战略总攻。很快，多铎于十二月底取得清灭大顺潼关之战的胜利，李自成放弃西安转移。多尔衮下令由阿济格追击农民军余部，而多铎则继续南下。
至顺治二年二月，农民军连战失利，五月，李自成牺牲于湖北通山之九宫山。这时多铎军已克扬州，史可法殉难。接着，清军渡长江，南京不战而克，朱由崧被俘，弘光政权灭亡。这一连串的胜利不禁使多尔衮喜出望外，他以为天下就此平定，江山已归一统。五月底，他已对大学士们表示要重行剃发之制，六月初，正式向全国发布剃发令。此举激起了全国人民的激烈抗争。
……
但是也是由于多尔衮的一些政策，最终导致了相对而言骁勇善战的八旗军，在不到两百年的时间，迅速沦落成“八旗子弟”。
而其中在某个意义上与明朝卫所制度相对有着共同之处的，则是著名的多尔衮“圈地”。
八旗圈地，一般是指顺治元年十一月二十二日，颁布圈地令，多尔衮三次下令圈地。
清初多尔衮率清军入关，满族人口大量涌入北京附近，为安置满族诸王、勋臣，解决八旗官兵生计，顺治元年十二月在京畿地区大量圈占土地，史称圈地令。
顺治二年九月，清廷下第二次圈地令，范围扩大到河间、滦州、遵化。顺治四年正月第三次圈地，圈入顺天、保定、河间、易州、遵化、永平等42府。
三次共圈占土地约二百三十三万五千四百七十七晌零九亩（十六万余顷，一晌约六亩），“圈田所到，田主登时逐出，室中所有，皆其有也。妻孥丑者携去，欲留者不敢携。
其佃户无生者，反依之以耕种焉。”八旗圈地称旗地，不准私自买卖，“八旗官兵所受之田，毋许越旗卖价及私售于民，”违者按律治罪。多尔衮凭借摄政的便利，冀东肥沃之地多流入正白旗之手。
圈地后，很多农民田地被占，流离失所，部份地主或农民投充到八旗庄园，或流亡他乡，造成大量流民、乞丐的出现。
顺治四年，大规模的圈地已停止，但零星的圈地、换地仍时有所闻。清初战事频繁，所受地亩并未能悉心耕种，“致失耕种之业，往往地土旷废。”康熙五年，鳌拜以镶黄旗地少贫瘠为由，提出要与正白旗换地。康熙八年五月智捕鳌拜，再宣布停止圈地，准许