无敌舰队的威名除了西班牙倾尽全力打造出来，维系其殖民地权利的庞大舰队之外，一个优秀的指挥官的存在同样是关键所在。
而无敌舰队被认为最为出色的指挥官，就是在后世也有着多个地名作为其功勋证明的圣克鲁斯。
圣克鲁斯并非是是指一个人，而是一个爵位的名头。
但是无敌舰队的圣克鲁斯就是著名的西班牙海军将领阿尔瓦罗?德?巴赞。
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阿尔瓦罗?德?巴赞被西班牙军人称为“士兵之父”。
他可以说是是西班牙能力最强的海军宿将，他在勒班陀海战中率领预备队立下战功，并多次大败英法舰队。
而其第一次成名之战就是著名的勒班托海战。
作为一个传奇性的海军将领，他年轻时就加入海军。
1544年在反对法国的战斗中扬名。
1554年，他率领一支分舰队围剿阿尔及利亚海盗。
1562年被任命为直布罗陀终身市长，并负责指挥那里的海军舰队。
1563年，在北非奥兰成功的防御了本地埃米尔哈桑动攻击。
1568年提升为那不勒斯海军司令。
1569年被封为圣克鲁斯侯爵。
1571年奉神圣同盟命令制定了著名的勒班陀海战行动方案，并负责指挥后卫分舰队3o艘战船。在作战中，土军左翼乌尔齐抓住******舰队的空隙，动迅猛的攻击，几乎全歼了教皇舰队，在这千钧一之时，圣克鲁斯侯爵挺身而出，拦住了土耳其舰队的突破。
1572年夏天，他设计攻占了哈马特海湾。
158o年他按照国王菲利普二世的旨意，率领舰队援助阿尔瓦公爵征服了葡萄牙。
1582年，他指挥舰队打败了由法国舰队援助的，据守在亚尔群岛自封为葡萄牙国王的安东尼奥的部队。他的军队的舰船几乎都是以其天赋建造出来的。
1583年，在圣米格尔海战中，他率军打败了又艾尔玛德沙托指挥的另一只法国舰队，并处死了所有战俘。此战后，他就成为西班牙舰队总司令。
1585年圣克鲁斯侯爵建议派一支海军远征舰队入侵英格兰。经菲利普二世批准，于1586年3月命令西班牙驻尼德兰军队总指挥帕尔马公爵亚历山大?法尔内塞作好准备，于次年让其部队由圣克鲁斯侯爵的舰队护送去英国。
此后，他精心准备远征，但因缺乏军费，未能成行。当英国海盗王弗朗西斯?德雷克得悉西班牙海军正在积极筹划这次远征时，于1587年春将一支拥有23艘战船的舰队派往西班牙加的斯。摧毁了几个港口设施，打破了他精心准备的计划，他竭尽全力消除损失。但毕竟将其原计划推迟了一年。
远征尚未准备就绪，圣克鲁斯侯爵于1588年2月9日去世。
他是一位出色的海军将领，精通战术，具有天才的制定计划的能力。另外，他还具有杰出的领导管理才能，是菲利普二世最得力的将领。他成功的将地中海海战引向大西洋海域，显示了其非凡的军事谋略。
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而在无敌舰队在格拉沃利讷海战之后元气大伤，英国认为这是他们再次重创西班牙的最好机会，最终也出现了一次著名的中世界登6作战：科伦纳?里斯本远征。
1588年8月，伊丽莎白得到消息:无敌舰队残余的大约5o艘船只回到了西班牙比斯开湾的桑坦德和圣塞瓦斯蒂安。这是一个绝妙的机会，倘若把这些船只摧毁，西班牙的海上力量将很难有恢复的希望，因为那时，英国船队将轻而易举地阻截西班牙的美洲运银船和来自波罗的海的造船物资，腓力二世即使制定了造船计划，也会由于缺乏供应而中止。
无可怀疑，伊丽莎白和她的大臣们认清了这一点。但是，要完成这样一次大规模远征，除了一支庞大的船队外，还需要一支6军，而对于刚刚结束在英吉利海峡的战争的伊丽莎白女王来说，单凭自己的力量是不可能组织起这样一支队伍的。因此，这次冒险采取了股份制形式，女王负担经费的1\/3，其余由这次远征的6军司令约翰?诺里斯爵士、海军指挥弗朗西斯?德雷克及其朋友和支持者筹集。
这样一来，这次远征的目的复杂化了。在诺克斯和德雷克看来，摧毁无敌舰队的残余已不足挂齿，重要的是攻占里斯本，帮腓力二世的竞争者安东尼奥登上葡萄牙王位。德雷克在1587年的经历中，了解到里斯本对于西班牙海上力量的极端重要性，夺取里斯本对西班牙将是致命的打击。
至于远征投资者中的伦敦和南部商人，战争已使他们失去了许多贸易机会，他们希望在葡萄牙和亚尔建立贸易商站，或者以此为基地进行私掠巡航。这种形势下，对于伊丽莎白来说，明令取消进攻里斯本的计划几乎是不可能的，所能做的只是向诺里斯和德雷克一再强调摧毁无敌舰队残余的重要性。
在1589年2月23日给诺里斯和德雷克的指示中，有三个目的：一是歼灭在西班牙北部2个港口的无敌舰队残余；二是占领里斯本，扶植葡萄牙安东尼奥反叛；三是占领亚尔，中断西班牙和美洲的财路。
而其中伊丽莎白明确强调这次远征只有两个根本性目的:“其一是摧毁西班牙国王的船只，其二是占领亚尔群岛中的一些岛屿，以便阻截途经这里每年去往或来自西、东印度的运送财宝船队。”在干任何其它事情之前