在入沈之初，努儿哈赤还假惺惺的表示过汉民亦要抚育，不准女真人随意杀害和侮辱汉民，甚至还惩罚过违反他命令的诸申，但到了汉民不听话的时候，努儿哈赤的残暴一面也充分暴露出来，他可没有兴趣真的“抚育”，而是下令展开屠杀。
此时八旗虽然获得连串的胜利，努儿哈赤却并没有小视大明，他多次去过北京，知道这个庞大帝国的人力物力财力有多么庞大，事实上如果明廷中枢政治清明，军队粮饷充足，以八旗两万战兵六万丁口的实力，压根也不足以争胜天下，甚至也不足保有辽东。
在这种心理之下，努儿哈赤一边下令副将乌尔古岱和李永芳屠杀镇江城抵抗的汉人，数万人的城市被杀戮一空，只余下一千多俘虏带回，同时还下令捕杀在沈阳城四周游荡抢掠的蒙古人，斩杀之后，带回弓箭，再下来，便是下令各地的镇守官员，尽量的多造一些舆论，鼓动汉人向八旗输诚效忠，以整合辽东和辽南数百万汉人的力量。
在这个时期，尽管骨子里对汉人有刻骨的仇恨和不信任，努儿哈赤的头脑还算清醒，知道凭借自己和族人的力量不足以对抗大明，只有把境内汉人的力量也用上，这才勉强有可能保住眼下的辽东和辽南之地。
努儿哈赤在四月时率部往赫图阿拉，行至半路，决意迁都，至五月，前期的工作已经完成，他派出阿敦等人在沈阳城四周巡哨，每二百到三百人设一屯，捕杀零散蒙古人，并且下令安抚各地的汉人。
在开原，铁岭，还有镇江，一系列的屠杀使辽东和辽南都是人心惶惶，努儿哈赤觉得杀伐的差不多了，于是下令把杀死的汉人名录造册，叫巴克什记在国史之上。
“四月十六日盖州游击张玉维献一千六百三十八两五钱银，八匹绸缎，一百七十一件绸缎衣服，八十六件翠蓝布衣服，一千零一十八匹翠蓝布，一把扇子，二十一石五斗粳米，二千四百斤盐。”
努儿哈赤坐在汗王宫的偏殿之中，巴克什达海正在给他读最近的记录。
努儿哈赤按旧日习惯，在罗汉椅上盘腿坐着，这里比起旧汗城来要富丽堂皇百倍，沈阳中卫城也是大明在辽东的重镇和坚城，也有总兵府邸，早前不及辽阳重要，但一直是扼控女真诸部和福余部蒙古的中心，在这里建造的府邸当然也花费了不小的财力，最初搬进来时，包括大妃在内的汗王宫里的人都有些战战兢兢，走路时都害怕踩坏了脚下的方砖，也害怕碰坏了那些名贵的家俱，女真是一个几万丁口的小国，居于深山，努儿哈赤又把全部财富用来打造兵器铠甲，购买战马，训练养育士卒，他的汗王宫十分简陋，只是一些木造的高楼，连皇太极这些嫡生的贝勒都记得童年和少年时吃过不少辛苦，可想而知他们的条件如何了。
居住旬月过后，各人才慢慢安心下来，只是时不时的还是有些担心明朝会派大军来伐，但对男子们来说，几次大战他们认识到了明军的不足，现在万历父子这两个成年皇帝先后离世，天启是少年即位，这也使得各人的担心减弱了很多，代之而起的是更大的野心。
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