祀赤帝者以其冶水之委，祀黑帝者以其司水之源也。吾粤固水国也，民生于卤潮，长于淡汐，所不与奄髦蛟屋同变化，人知为赤帝之功，不知为黑帝之德。家尸而户祝之，礼虽不合，亦粤人之所以报本者也。”（卷六“真武”条）可见玄武之为水神之典故。
生殖之神
中国古代素将伟大的神力和阴阳交感演化万物的现象相类比，崇拜生殖的神力。蛇本身就是生殖和繁衍的象征，玄武以龟蛇合体的形状出现，更被古人看作雌雄交配、生殖繁衍的标志。东汉魏伯9阳（约公元121年前后生）《周易参同契》也用龟蛇纠缪的例子说明阴阳必须配合：“关关睢鸠，在河之洲。窈窕淑女，君子好逑。雄不独处，雌不孤居。玄武龟蛇，纠盘相扶。以明牝牡，毕竟相胥”。
司命之神
龟在古代是长寿和不死的象征，并能导引行气，《史记·龟策列传》载云：“南方老人用龟支床足，行二十余岁，老人死，移床，龟尚不死。龟能行气导引”。《抱朴子》载：城阳郄俭少时行猎，坠空冢中，饥饿，见冢中先有大龟，数数回转，所向无常，张口吞气，或俛或仰。俭亦素闻龟能导引，乃试随龟所为，遂不复饥”。再者，北宫玄武七宿之第一宿斗宿，又称南斗。《星经》云：“南斗六星，主天子寿命，亦宰相爵禄之位”。晋干宝（316年前后生存）《搜神记》引管辂的话说：“南斗注生，北斗注死”。拜南斗可以增寿。这对于追求长生不死帝王官僚及普通人都有很大的吸引力。
四灵之一
中国古代把天空里的恒星划分成为“三垣”和“四象”七大星区。所谓的“垣”就是“城墙”的意思。“三垣”是“紫微垣”，象征皇宫；“太微垣”象征行政机构；“天市垣”象征繁华街市。这三垣环绕着北极星呈三角状排列。在“三垣”外围分布着“四象”：“东苍龙、西白虎、南朱雀、北玄武”。也就是说，东方的星象如一条龙，西方的星象如一只虎，南方的星象如一只大鸟，北方的星象如龟和蛇。由于地球围绕太阳公转，天空的星相也随着季节转换。每到冬春之交的傍晚，苍龙显现；春夏之交，玄武升起；夏秋之交，白虎露头；秋冬之交，朱雀上升。”
《玄天上帝启圣录》卷一记载这样一个故事：
玄帝念道专一，遂感玉清圣祖紫元君传授无极上道。元君告玄帝曰：子可越海东游，历于翼轸之下，有山自乾兑起迹，盘旋五万里。水出震宫。自有太极，便生是山。上应显定，极风太安、皇崖二天，有七十二峰，三十六岩也。子可入是山，择众峰之中，冲高紫霄者居之，当契太和。升举之后，五百岁当上天，龙汉二劫中披发跣足，蹑坎离之真精，归根复位，上为三境辅臣，下作十方大圣，方得显名亿劫，与天地日月齐并，是其果满也。告毕，元君升云而去。”
这个故事尚见于《太上说玄天大圣真武本传神咒妙经》卷三之中。从其情节可知：玄帝的“老师”叫做“紫元君”。按照道教的称呼习惯，高规格的女仙方有“元君”之称，可见紫元君当属女性。《玄天上帝启圣录》之行文在紫元君之前加上了“玉清圣祖”的定语，这既可以显示紫元君在道教仙境中的地位，又说明了她是天上胜境的女仙真。这位“元君”被奉为“圣祖”，足见其地位之显赫，而她又居于“玉清”境，看来还是属于元始天尊所辖之大系。”
从理性的立场看，玄帝拜师的故事当然是一种信仰心理的表现，我们一般凡人是难于从玉清胜境的神仙大学研究生院中查考到玄帝的学籍记载的。不过，这个资料至少为我们追溯玄武信仰在流行过程中是如何与丹道脉系相交融这一问题提供了有益线索。考诸《道藏》，其中有一部经书叫《紫元君授道传心法》（以下简称《心法》），题长生阴真人注。既然是“注”那就说明其经文在阴长生之先已经存在，按道门之说法，长生阴真人，又称阴真君，或英真君。”
据葛洪《神仙传》的记载，阴长生乃东汉和帝（88年——105年在位）阴皇后之高祖，出富贵之门，好神仙之道，闻马鸣生修道成仙，遂离家皈依其门下，朝夕追随其左右，勤于仆役杂事，如此达二十余年之久。据说，与阴长生一起学道者十余人，因耐不住学道之辛苦，悉皆归去，唯独阴长生不改初衷，执礼更勤。由之而获得马鸣生之信赖，于元光元年（122年）携之入青城山炼丹，又于鼎旁别筑神坛，授予《太清神丹经》。
阴长生别师归家，依丹经之方制炼丹药，且炼黄金十余万斤，广济人间，后服丹而举家长生，在人间三百年，尔后羽化升仙而去。就阴长生的生平事迹看，他显然是一个精通外丹烧炼的人，应属于外丹派中人。但在题为阴真人注的《心法》一书却有许多批评外丹之言论。例如其中所称：“仙士勿令错用意，妄将变黄白药，错服食。”这是告诫人们，不要把仙经中的药物机械地理解为制炼黄金白银之类和外丹服食之品。另外，《心法》还批评“休粮”、“服气”、“导引”之类，把这些东西视为旁门，这显然是站在内丹学派立场说话的。
就道教思想史的发展历程看，内丹理念虽然在东汉魏伯阳《周易参同契》之中已经存在，但那时并没有明确表达，更不是把它看作与外丹相对立的操作方式。直到唐末以来，由于外丹服食的种种失