精气神为人身三宝。精，包括精、血、津、液；气，指宗气、荣气、卫气；神，指神、魂、魄、意、志。精和气是构成人体的基本物质，气和神又是人体的复杂的功能，也可以认为气为精之御，精为神之宅，神为精气之用。
病机学说
研究疾病发生、发展、转归及变化等等之内在机理的学说称病机学说。
《素问·至真要大论》所说“审察病机，无失气宜”、“谨守病机，各司其属”都是此学说的内容。
1。病因：引起人发病的原因很多，《黄帝内经》将其归纳为二类。风雨寒暑实为“六淫”的概括；阴阳喜怒乃“七情”的概括；饮食居处即“饮食劳倦”。可以认为这就是后世三因说之****。
2。发病：正邪双方力量的对比，决定着疾病的发生与发展，这就是“正气存内，邪不可干”之意。《素问·上古天真论》所说“精神内守，病安从来”，《素问·评热病论》所说“邪之所凑，其气必虚”等，都论证了这一点。
3。病变：疾病的变化是复杂的，《黄帝内经》概括病变也是多方面的，有从阴阳来概括的，用表里中外归纳的，用寒热归纳的，从虚实而论者，实指邪气盛，虚指正气衰。概括说来，有正虚而邪实者，有邪实而正不虚者，有正虚而无实邪者，有正不虚而邪不实者。
诊法学说
望闻问切四诊源于《黄帝内经》。
1。望诊：包括观神色、察形态、辨舌苔。
观神色者，如《灵枢·五色》、《灵枢·五阅五使》和《灵枢·五色》所载，这些在临床上都很有意义。
察形态者，是察看人的骨肉皮肤而推断病情，在临床上虚实是错综复杂的，只有知其常，才能达其变。
辨舌苔者，如《素问·热论》、《素问·刺热论》和《灵枢》所载等等。
2。闻诊：包括闻声和嗅气味。
闻声音者，是听患者的声音而诊断病情。
其次是嗅气味，如《素问·金匮真言论》所说，肝病其臭臊，心病其臭焦，脾病其臭香，肺病其臭腥，肾病其臭腐。
3。问诊：问讯患者的自觉症状，以诊断病情。
4。切诊：包括切脉与切肤。《黄帝内经》言切脉最详，主要为：
（1）三部九候法：即分头手足三部，每部分天地人三候。
（2）人迎寸口脉法：即兼诊人迎和寸口两处之脉，互相比较。
（3）调息法：即调医者之呼吸，诊病人之脉候。
（4）谓胃气脉：脉象之中有无胃气，至关重要，有胃气则生，无胃气则死。
（5）六纲脉：《黄帝内经》所载脉象很多，如浮、沉、迟、数、虚、实、滑、涩、长、短、弦、细、微、濡、软、弱、散、缓、牢、动、洪、伏、芤、革、促、结、代、大、小、急、坚、盛、躁、疾、搏、钩、毛、石、营、喘等等。但常以六脉为纲加以概括。
其次是切肤：肤泛指全身肌肤，按肌肤而协助诊断的内容很多，如“按而循之”、“按而弹之”等等。但论之最详细的是切尺肤。因为脉象与尺肤有必然的联系，故诊病时亦可互相配合。
治则学说
研究治疗法则的学说称治则学说。
1。防微杜渐：包括未病先防和已病防变。如“春夏养阳、秋冬养阴”等皆言预防疾病，有病早治防其传变。
2。因时、因地、因人制宜：
因时制宜者，是告诫医者用药勿犯四时寒热温凉之气。
因地制宜者，在治疗时不可一概而论，必须加以区别。而《素问·异法方宜论》论述东南西北中“一病而治各不同”的因地制宜甚详，如东方之域，其治宜砭石；西方之域，治宜毒药；北方之域，治宜灸祔；南方之域，治宜微针；中央之域，治宜导引按偁。
因人制宜者，如《素问·五常政大论》和《素问·征四失论》所载。
3。标本先后：即因病之主次而先后施治。有关标本先后施治的大法在《素问·标本病传论》中叙述最详。
4。治病求本：这是《黄帝内经》治则中最根本的一条。《素问·阴阳应象大论》说：“治病必求于本。”
5。因势利导：在治病求本的基础上巧妙地加以权变。
6。协调阴阳：此为治疗之大法要义。
7。正治反治：正治亦称逆治，是与病情相逆的直折的治疗方法。比如“热者寒之，寒者热之，虚者补之，实者泻之”之类；反治也称从治，如“寒因寒用，热因热用，通因通用，塞因塞用”之类。
8。适事为度：无论扶正还是祛邪都应适度，对于虚实兼杂之症，尤其应当审慎。切记“无盛盛，无虚虚”，即使用补，也不能过。
9。病为本，工为标：《素问·汤液醪醴论》指出：“病为本，工为标。”这是说病是客观存在的，是本；医生认识治疗疾病，是标。医生必须以病人为根据，这样才能标本相得，治愈疾病。
10。辨证施治：《黄帝内经》虽未提出“辨证施治”一词，却有辨证施治之实。上述几点均含此意，而书中已有脏腑辨证、经络辨证、八纲辨证、六经辨证的内涵。
11。制方遣药：《黄帝内经》虽载方药无多，但其方药之理已具。
12。针刺灸祔：《黄帝内经》言经络、腧穴、针刺、灸祔者非常多，仅仅补泻手法就有呼吸补泻、方员补泻、深浅补泻、徐疾补泻和轻重补泻等，这些手法一直被后世所沿用。