原来七位巡抚，现在除了刘钧兼任的顺天巡抚，其余六巡抚全都撤消，相应的六位巡按也都撤消了。
现在直隶做为一个省，只设一位总督兼巡抚，另设一位巡按，其余的各巡抚和巡按全都撤除，减少了事权重叠。
警备和卫戍两镇总兵，有内臣监军和文臣监军取代原来巡抚和巡按对总兵的监督，但又突出了军官们的指挥权。
也是在这次的会议上，正式确立了总督和巡抚做为地方正式官员，而不再只是临时派遣官员。总督从一品，巡抚正二品。
各承宣布政使司，则正式更名为省。
每省设一巡抚，而一省或数省设一总督，如重要的直隶省虽只一省单设总督，但由总督兼巡抚，不再另设巡抚。
南直隶也正式设省，一分为二，长江以北设江北省，长江以南设江南省，江南江北二省与江西省三省设三江总督，三省各设一巡抚。
大明全国正式划分为二十一省，直隶、山西、河南、山东、辽东、辽西、陕西、甘肃、四川、湖南、湖北、江西、江北、江南、浙江、福建、台湾、广东、广西、云南、贵州。
在原来两京十三省的基础上，从湖广省分出湖北省，福建省分出台湾省，陕西省分出了甘肃省，又把两京设立直隶、江北、江南三省，加上从山东省分出的关外辽东和辽西二省，使得大明的省达到了二十一个。
直隶总督、山东总督、辽西总督、辽东总督、陕甘总督、山西总督、三江总督，川湖总督、云贵总督、河南总督、东南总督、两广总督，二十一省分为十二总督。
十二总督下，二十一省每省只各设一巡抚、巡按，原来一省之内设立的多位巡抚、巡按，都只保留一位。