过了不久，风云突变，飞沙走石，暴雨紧接着便从天而降，而且这暴雨日夜不停地下，丝毫没有停下来的意思。
于是，浩浩荡荡的洪水遍袭人间，一时之间，山洪暴发不断，凶猛的洪水淹没了大地，淹没了村寨，淹没了树林，淹没了高山，一直淹到了天上。
眼看着洪水越来越猛，伏羲兄妹俩按照雷公的话，循序钻进葫芦里，这葫芦随后便漂浮在水面上，随波逐流，一直朝着天上漂过去。
张宝卜一直找不到两个孩子，于是只好独自驾着大船在洪水中游走，一直游到了天门。
到达天门之后，这张宝卜便用手狠狠敲击天门，这敲击声震耳欲聋、响彻天空。
听到这振聋发聩、怒气冲天的敲击声，天神们都害怕了，于是天神们立即喝令水神退水。
顷刻间，雨止风停，洪水一落千丈，大地也很快露出来了，被洪水淹死的牲畜和人类等遍地都是。
与此同时，张宝卜驾驶的大船也从天门边的高空中跌落下来，重重地摔落在地上，一时之间，大船摔得粉碎，张宝卜也被摔死了。
由于洪水渐渐退去，隐藏着伏羲兄妹的葫芦也渐渐停止了漂浮，最终落在了昆仑山上。
发现洪水已经彻底退去之后，伏羲兄妹俩便从葫芦里钻出来，然后找到了父亲的尸体并将其埋葬起来。
很快这兄妹俩便发现了一个很恐怖的现实，除了他们兄妹俩，大地上的人类和动物都已经全部被淹死了。
于是，战战兢兢的兄妹俩开始相依为命，不过，没用多久，他们便开始坦然接受了现实，并且开始辛勤劳动，很快便过起了无忧无虑的生活。
光阴似箭，日月如梭，时光荏苒，转眼间，伏羲兄妹都已经长大成人。
长大后的他们开始感到很孤独，因为除了他们兄妹彼此，再也没有其他人会跟他们说话，而且，一旦他们兄妹死去，这个世界上将再也没有人类。
那么，如此美好的世界等着让谁去看呢？
于是，思前想后，伏羲提出和女娲结婚生子，以便可以繁衍人类，但是哥哥有心，妹妹却无意。
女娲说：“我们是亲兄妹，怎么可以结婚生子呢？”
伏羲答：“可是，如果我们不结婚生子，世界上将再也没有人类了！面对如此精彩美好的世界，你难道不觉得可惜和遗憾吗？”
经过伏羲三番两次的劝说，女娲也开始觉得有道理，但是她还想看一看天意如何。
于是，女娲便跟伏羲商量着向上天占卜，伏羲欣然答应了。
占卜一共进行了三次。
第一次占卜，伏羲和女娲在南北山上各点一堆火，如果升在空中的烟最终绞合在一起，那么就代表伏羲和女娲便可以结婚。
结果，当两堆火着起来以后，那两股烟在空中很快便绞合在一起，所以，这第一次占卜说明伏羲和女娲可以结婚。
第二次占卜，伏羲和女娲在南北两山朝着河谷地带滚动石磨盘，到达河谷后，如果这两块石磨盘贴合在一起，那么就代表伏羲和女娲可以结婚。
结果，当到达河谷时，两个石磨盘真的贴合在了一起，这第二次占卜也说明伏羲和女娲可以结婚。
第三次占卜，这一次更像是一个考验，妹妹女娲提出一个问题，说：“绕着一棵大树，我在你前面跑，你在我后面追，如果最终你能追到我，那么就说明咱俩可以结婚，如果你最终没有追到我，那么就说明咱俩不可以结婚。”
于是，伏羲和女娲绕着大树跑了起来，女娲在前面跑，伏羲则在后面追。
由于妹妹女娲非常机灵敏捷，所以，哥哥伏羲无论怎么拼命努力追，却依然追不上。
妹妹女娲虽然机灵敏捷，但是哥哥伏羲也丝毫不次于妹妹，这伏羲也是智慧过人。
于是，发现按照老套路根本追不上女娲之后，这个伏羲略一思索，便想出了一个好办法。
追着追着，伏羲突然冷不防地一个回转身，气喘吁吁的女娲便一头撞进了哥哥的怀里，而且无论怎么挣扎也挣脱不了。
结果，这第三次占卜也说明伏羲和女娲可以结婚，于是女娲再也没有了意见，很快他们结了婚。
伏羲和女娲终于成为了夫妻，而且不久后女娲便怀孕了。
这女娲一孕就是两年，两年后，她竟然生出了一个奇怪的东西，怎么看都没有婴儿的模样，却像是一块磨刀石，还是血红的坚硬磨刀石。
辛辛苦苦怀孕两年，没有生出想象中的婴儿，却生出一个磨刀石样的怪物，这让伏羲和女娲都很苦恼。
后来，经过一番商讨，伏羲和女娲决定将这磨刀石样的怪物打碎，看一看里面究竟是什么东西。
结果，当他们将磨刀石样的怪物打碎后，发现里面全是血红的肉末，并没有其他什么异物。
于是，伏羲和女娲将打碎后的磨刀石样怪物用包裹包起来，之后他们带着包裹来到高山之上，然后将包裹中的肉末朝着四处抛撒而去。
让伏羲和女娲吃惊的是，此时竟然发生了奇迹：抛在河里的肉末变成了鱼虾，抛在山头的肉末变成了鸟兽，抛在村寨里的肉末变成了黎民百姓……
从此，人世间又有了很多人和各种动物，世间又充满了生机！
后来，对于伏羲和女娲的传说，民间流传起：
妹打主意难哥哥，各一爬上一高坡。
对山烧火火烟绞，两烟相绞把亲合。
两股火烟相绞了