以前皇太极的权威并不很绝对。天聪九年九月，即称帝前半年，代善和哈达公主曾有轻视他的举动，皇太极大怒，召集诸贝勒大臣，让他们“别举一强有力者为君”，靠了他们的跪请，才出朝听政。崇德年间就再无人敢向他的权威挑战了。
在机构设置上也作了相应的改革和进一步完善。清初决策的重要机构是议政王大臣会议。崇德二年四月对这个机构作了调整：一、成员除令固山贝子尼堪、罗讬、博洛等与议国政外，每旗各设议政大臣三人；二、规定他们启迪主心，救济贫乏，抚养新人三项任务；三、议政大臣奏事必先通过他们各自的固山额真，公议之后上奏。议政王大臣会议从此有了固定的程式，也更成了□主义皇权的工具了。天命、天聪年间没有监察机关，崇德年间皇太极成立了都察院，给他们稽察一切官员的大权。有清一代，满蒙的结合，早比满汉更紧密。为了处理蒙古事务曾设蒙古衙门，崇德三年六月又改为理藩院。合原有的六部、都察院，构成了有名的八衙门。皇太极任命满洲、蒙古、汉人担任承政，每部三人，以下皆参政。崇德三年七月更定八衙门官制，每衙门只设满洲承政一人，以下酌设左右参政、理事、副理事、主事等官，由二等变成五等。这就强化了以他为首的国家统治权力。
清入关前没有内阁的名称。但是皇太极统治下的大清已初具内阁性质的内三院。天聪十年三月，皇太极改文馆为内国史院、内秘书院、内弘文院。从文馆到内三院，虽任职者均为大学士、学士，但分工更明确了，有的负责编考历史，有的起草敕谕及注释古今政事得失，还有的向皇帝进讲。崇德以后内三院的大学士、学士们对皇太极的决策有了更大的影响。
皇太极的统治还继续利用了八旗这个军政合一的组织。他使八旗通过变革越发充满生机。一是对满洲八旗不断补充新的成员，二是完善和扩大蒙古八旗、汉军八旗。努尔哈赤时的满洲被称为“佛满洲”，即旧满洲。皇太极对黑龙江等地多次用兵，带来大批少数民族加入满洲共同体，被称为“伊彻满洲”，即新满洲。皇太极把新满洲编入八旗。崇德五年一次就把征索伦俘获的新满洲壮丁并家小五千六百七十三人编为牛录，隶于八旗了。同时把征库尔喀俘获的新满洲壮丁四十二人补充了各旗披甲的缺额。满洲八旗之外，蒙古八旗早于汉军八旗建立。崇德年间汉军八旗发展最快。崇德二年，照满洲例，汉军分为两旗，四年扩大为四旗，每旗设牛录章京十八人，固山额真一人，梅勒章京二人，甲喇章京四人，但内部仍分正黄镶黄两旗，正白镶白两旗，正红镶红两旗，正蓝镶蓝两旗。崇德七年六月正式完成了汉军八旗的建制。皇太极说：“我国出则为兵，入则为民，耕战二事，未尝偏废。”这种扩大满洲八旗和建立蒙古八旗与汉军八旗，既增强了清朝的武装力量，也对满蒙汉的广大人民实行了深一层的控制。尤其是为了夺取全中国统治权，皇太极创立的汉军八旗有重要意义。
崇德以后的清朝不像以前那么脆弱，皇太极虽然继续要采取一些巩固其统治的措施，但是并不担心其被消灭，他的目的是以此为基础，实现对全中国的统治。崇德四年六月二十五日，皇太极下令把从前哈达、叶赫、乌拉、辉发和蒙古诸部所接受的明朝敕书全部收上来，在笃恭殿（今沈阳故宫大政殿）前烧掉。这表明从此他们都是清朝的臣民，再也不能对明朝存在幻想了。
皇太极是位杰出的军事家和统帅。他称帝之后，或亲自领兵，或坐镇指挥，其军事活动，是他帝业的重要组成部分。这时他亲自领兵打的第一个大仗是征朝鲜。自从与朝鲜结为兄弟以来，朝鲜仍与明朝藕断丝连，对后金要求政治上尊重，经济上开市贸易，军事上借兵等都寻找借口不肯应允。皇太极每有胜利，都不厌其详地告诉朝鲜，极力想把朝鲜从明朝一边拉过来，但收效甚微。皇太极登帝位的典礼上，最