月影岛的凶杀案告一段后,新宇他们也回到了东京[红楼]嗣子攻略。令人想不到的是凶手的身份居然就是——浅井诚实,岛上的那个有着可人笑容的医生谁比你腹黑。正是她杀害了川岛英夫、黑岩辰次和西本健。甚至两年前前村长龟山勇作的离奇猝死也和他有关。
没错，不是‘她’是‘他’,实际上，根本没有浅井诚实这个女医生。只有一位自幼失去亲人，被一户叫浅井的人家收养的、后来成为一位医生的男子——浅井成实。不,应该是麻生成实。
两年前，成实医生回到了月影岛,借助在岛上当医生的便利条件一个人独自调查当年自己父亲死亡的真相。也许是幼年患病的关系，他的相貌显得很是中性，以至于初来的时候岛上的所有人都认为他是女的。为了隐藏身份，他索性女扮男装。这一扮就是两年。
最先死掉的前村长龟山勇作是第一个得知成实医生的真实身份的,那家伙当时惊恐的说出了一切。包括如何贩毒、接头暗号和为了灭口杀死麻生归二一家。说完了这些后，他的心脏病骤发，然后就死了。得知了一切的麻生成实则开始了他的复仇计划。
紧接着，两年以后，麻生成实将毛利小五郎请到了月影岛，并策划杀死了第二个仇人川岛英夫。一切都在按照他计划的在进行，不过却出了一点小小的意外——原本他估计警方的验尸人员会将川岛的尸体带回东京的警视厅鉴证科进行进一步的检查，没想到目暮警官却只是派人将尸体送了回去，他自己留在了岛上。
而且他也错估了毛利小五郎一行人的警觉，同时他也没有想到会有工藤新宇和柯南这两个变数。可是计划却也无法停止下来了，因为这是他复仇的唯一机会。于是黑岩被杀后，他借口替目暮警官他们给尸体验尸，趁机调整了广播录放机的开关。
接下来更加简单，他勒死了西本健。不过在布置现场的时候，柯南、新宇他们突然来到了大会堂。要不是出现了村沢和平田的打斗这一变数。恐怕他就会被当场抓获。
虽然如此，他还是留下了太多的破绽，最后在那份尘封了十二年的乐谱的揭示下。柯南了解了当年的一切，也将这一系列的案件真相揭露。
复仇成功的麻生成实最后在大会堂引燃了烈火，在钢琴的乐曲中和烈焰的洗礼下，追随自己的家人而去了……
村沢先生醒来以后，说出了自己当晚去钢琴房的原因——原来他一直是麻生归二的仰慕者，得知麻生先生的遗物钢琴将要被处理掉后。决定最后一次为其做调试。没想到会遭此意外。
至于平田和明，则因窝藏毒品罪被逮捕。
村长候选人清水证人与本案毫无关系，现在候选村长川岛和现任村长黑岩都已死亡，相信他当选是指日可待的。
事后，新宇带着深深的疑问问着柯南道，“为什么麻生归二会贩卖毒品？”
柯南给出的回答是，“被逼迫的，为了保护家人，他只好答应他们。但后来又因为良心的不安，拒绝了他们。没想到的是，也因为如此，他们一家全丧生在了火海当中。”
嘛，这些其实都已经过去了。对于新宇来说，他现在最重要的是校内的比赛。青学的又一次排名赛要开始了，上次由于他的手受伤了，没能当选正选队员。这次的他已经准备的相当充分了，就等排名赛的那天到来。
这几天部团活动大家都紧锣密鼓的训练着，虽然知道自己是不能打败正选队员，但凡事都可能有意外，二年级的和三年级的非正选常常凑到一起。三年级的正选们也丝毫不敢有大意，毕竟这次的排名赛可是关系着下场关东大赛的出场。
“啪！”的一声，网球在半空中划过淡黄色的弧线，最后落在了球场上的角落。
“比赛结束，工藤获胜，比数6—0.。”充当裁判的二年级部员扭头望着角落上的网球，低头擦了擦额头上的冷汗道。
“喂喂，工藤，你懂不懂尊敬长辈啊。”和新宇比赛的二年级部员，气得跳脚。
“呃……不好意思，下次我会记得的。”新宇一手拿着球拍，听了他的话，抬头看着对面，一手搔了搔额角道，“下次我一定会注意的。”
“这还差不多。”闻言二年级的部员满意的点头，其实他也不是真的想让新宇放水输给自己。他只是希望下次比赛的时候，新宇能让至少也得一分……吧。谁知新宇的下一句话打破了他的幻想。
“下次比赛的时候，我会争取快点结束比赛的。”新宇抬头看着他煞有其事的点头，说完就不在去看因为自己的话而已经石化了的学长，转身走到网球场边将自己的网球放进球袋里，随后背着球袋离开网球场内，往另一边走去。
而留在场内的那个石化的二年级部员，等到他恢复过来的时候，场上就只剩下他和那充当裁判的同学。他呆呆的望着那扇连接着球场和外面的那道敞开的门，心里有着说不出的郁闷。怎么现在的学弟都这么的不可爱。
“你该满足了，泽野。”刚才的裁判员伸手拍了拍泽野的肩膀道：“至少你的对手是工藤，如果是其他人的话你一定输得更惨。“
泽野也就是那个和新宇刚才比赛的二年级生，扭头纳闷的看着自己的同学道：“浩二，你确定你是在安慰我吗？”
“确定，以及，肯定。”浩二郑重、肯定的点头，看着被自己打击得不行的泽野，好心的为他解惑