这次打击不仅使沈家失去了沈万三这个当家人，而且财富也减去了大半。现在看来，即使沈万三不主动捐款劳军，他也逃脱不了被处罚的命运。在朱元璋眼中，沈万三富可敌国就是罪。欲加之罪，何患无辞？总之要将他的财产全部归“公”。沈万三在明初因富致祸的事迹流传非常广，言之凿凿，似乎不容置疑。
明史专家顾诚先生曾作专文《沈万三及其家族事迹考》详细考证了沈万三的身世，否定了他是明初人的说法，认为他生在元代也死在元代，史籍中有关沈万三在明初的一切“事迹”均是讹传。
沈富（沈万三）的确切生卒年虽然难以考知，但他在明朝建立以前即已去世是可以确定的。《吴江县志》说：“张士诚据吴时万三已死，二子茂、旺密从海道运米至燕京。”张士诚的军队攻占平江路（苏州）是在元至正十六年（1356）二月，这就是说1368年朱元璋建立明朝的时候，沈万三已死去十二年以上。既然他已经在元朝末年去世，当然不可能遭到明朝开国皇帝朱元璋的打击。
《吴江县志》的记载是否可靠，可以从三个方面来考察：一是就沈万三子孙的生活年代来推算；二是从同沈氏家族有密切关系的人士的记叙中来论证；三是从可信文献中看沈万三本人的活动年代。据元末明初人王行所撰的《沈荣甫墓志铭》、《沈茂卿墓志铭》来看，明洪武元年（1368）时，沈万三（沈富）的儿子沈荣已经六十二岁，孙子沈森三十九岁，上距沈万三的出生至少在八十年以上。在元明易代之际，沈万三的儿子已进入暮年，他本人尚在人世的可能性是极小的。我们虽不能断定沈万三绝对活不到八十多岁，亲眼看到大明帝国的建立，但是，明军在大将傅友德、蓝玉、沐英率领下，进兵云南是洪武十四年（1381）开始的，至十五年（1382）平定该地，即便沈万三还活着，而且在平定云南之年立即把他充军该地，沈万三也当在百岁上下。他能够如此长寿吗？如此看来，明代野史笔记和《明史》关于沈万三的记载，有的很可能是把民间传说记录下来，有的是不了解真相，误把沈万三子孙的事情附会成了沈万三本人。
沈万三在元朝已很富有，至于聚宝盘、点金术等说法，在今天看来过于荒诞，不足为信。那么他真正致富的原因是什么呢？
根据有关史料记载，沈万三的祖籍在浙江湖州，祖上迁居长洲（今江苏苏州）东蔡村，到他父亲沈祐时迁至湖州南浔镇。元至正二年（1342）南浔一带大水，贫民纷纷逃往他乡，沈祐也在此时迁往周庄。
沈万三应当是由躬耕起家，再通过经商致富的。明中期苏州人黄省曾《吴风录》记：“自沈万三秀好广辟田宅，富累金玉，沿至于今，竟以求富为务。”沈万三（富）的父亲从湖州南浔镇迁居到长洲县东蔡村以后，辛勤耕作，充分开发了当地大片抛荒的肥沃田土。
由于经营得法，占田日广，沈家转为招集佃户、出租田地、雇佣长短工和发放高利贷的大地主，到沈万三兄弟主持家业时就已经拥有地跨数县的良田。传至沈达卿一辈时，沈家“产益广、赀益饶”，有史籍称其田产多达数千顷。明人孔迩还记载沈万三很注重兴修水利，“万三有田近湖者，沿湖筑成石岸以障田”。另外，秀南村的沈氏墓地，建于明洪武二十一年（1388），墓主为沈庄，是沈万三的孙儿，当地百姓都称之为“安山坟”。其墓志铭中记载，“其先世以躬稼起家，大父富（沈万三），尝身帅其子弟力穑事”，等等。这是沈万三最先由“躬耕起家”的一大铁证。
沈万三积累了一定资财后，从事贸易，才一跃而成为巨富的。元朝时海运发达，外贸畅通，来中国贸易的外国人不少。另一方面，江南经济发达，在宋元之际未受到什么破坏，到元朝后期已为全国之冠。苏州和杭嘉湖地区历来是闻名全国的“粮仓”，素有“苏湖熟、天下足”之说。沈万三拥有田产数千顷，自然有大量的稻米作为商品出售。而当时的北方，包括元大都（北京）在内所需食粮，主要靠南方供给，沈万三一定也是“售粮大户”。由此，沈万三积累了大量资本。富起来的沈万三转而“通番”，将当地产的纺织品、瓷器等输往亚非各国，而回船进口大量的珍宝、香料和药材，一去一回从中赚取巨额差价。凭借这些有利条件，加上外贸能获得丰厚的利润，沈万三迅速致富并不奇怪。孔迩在《云焦馆纪谈》中写道，沈万三成为海商，来往于徽州、池州（今贵池）、太平府（今当涂）、常州之间，辗转贸易，获金数百万，所以显富。著名历史学家吴晗先生也说：“苏州沈万三之所以发财，是由于作海外贸易。”这也可以与《吴江县志》相印证，“沈万三有宅在吴江二十九都周庄，富甲天下，相传由通番而得”。明史研究专家南京大学教授潘群认为，沈万三的财富积累在元代便已完成，他的财富起于“农”，而繁于“商”，是一个地道的大地主兼商人。
既然沈万三在元朝末年已经去世，他本人当然不可能遭到明朝开国皇帝朱元璋的打击。噩运降临在沈万三的后裔身上，是在洪武二十六年蓝玉“谋反案”发生以后。此前，沈家也曾牵连了一些祸事，洪武十九年沈万三子沈旺的两个儿子沈至、沈庄曾经一