在中华帝国的使臣前往日本的时候，帝国的军队这个时候已经在加紧进行丛林战训练，台湾地区的热带雨林分布的也比较广泛，士兵们在换装了新式步枪之后就会被分为班排为单位进行对抗演练，演练的地点主要在台东和台南的热带丛林之中。
这个时候主要是先进行小规模的对抗演练，然后在进行营级规模的对抗，最后会进行各个团之间的大比拼，因为目前在棉兰老岛的土著人的装备比较落后，因此帝国军队的这种对抗水平并不是真正的战争之中的时机对抗水平，因此项玉将军队调到台南之后，让邓明给当地的高山族的族长们写了一封信，邀请他们来当中华帝国军队的丛林战的对手。
高山族在荷兰人被驱赶走了之后，岛上变成了汉人的天下，加上之前冯信建立梁国的时候曾经发动军队进山大举围剿，打死打伤高山族人不计其数，他们因此举家迁往更加深处的密林之中，后来在明军收复了台南之后，新政权并不像之前那样排斥和打击他们，因此他们又陆续返回了原来的居住点。
本着安定稳固的长远着想，邓明允许高山族人参军入伍，而且还派人进山向他们传授先进的耕种技术和优质的种子，高山族人进山躲避的时间很长，食盐和其他必须的生活物资都是十分的稀缺，因此既然明军这边表现出了善意，他们也就借梯下坡将族中的一批优秀的战士送到城中去参军，并且也不再仇视和对抗汉人了，邓明又在项玉的授意之下，在高山族中展开文化教育和普及，通过文字和传承来消除两族之间的矛盾，时间一久，高山族势必就会丢掉自己没有文字传承的文化，完全汉化成为汉人的一员。
高山族的这些战士过来之后，他们都是丛林和山地战的好手，这个时候正好是帝国军队的最好陪练，项玉本着要最大限度的锻炼士兵，以减少士兵们在战场上的伤亡，所以在正式的出兵之前，要求每一名士兵都必须通过丛林作战的要求，不过在后来回过头来看，项玉的这一步显然是要求过苛刻了，菲律宾的那些个土著猴子实在是不经打。
军队的大规模的训练一直持续了两个多月，知道1663年的3月份才正式结束，这个时候中华帝国已经完全做好了战争的准备工作了。
经过五个月的抢工，军工厂的工人们加班加点，终于在战争来临之前生产出来了一万两千条中华式步枪，这种枪就是之前研究院进行试验的那种步枪，在定产之后被名中华一式步枪，枪身长度一点一米，重3.9公斤，口径7.62毫米，弹仓的容量是五发，使用的是弹一式子弹，作为中华帝国建国以后的第一种制式后膛步枪，中华一式的有效射程为400米，子弹在450米的距离上面仍然具备一定的杀伤力。
士兵们在中华一式步枪列装之前就进行过相关的培训工作，只不过这个时候在枪械全部下发之后，士兵们又要进行一定的熟悉和适应的工作，至于军队换下来的燧发枪，帝国军队将它封藏一部分，剩下的就全部交给基隆、台南、台东这三地的民兵们使用了。
中华帝国为了这一战已经准备了将近五个月的时间了，而且在这个时候，海军方面已经扩军到了六千多人的规模，拥有各种战舰接近一百八十余艘，其中有最近才装备部队的五艘铁甲舰，铁甲舰使用的是蒸汽动力和风帆动力混合推进，因此船身上面还有三根巨大的桅杆，可以悬挂巨大的船帆，在平时不需要作战的情况之下，铁甲舰使用风帆动力，以节省燃煤，当进入战斗状态之后，为了减少船体上的着弹面积，减少受打击面，和提高机动性能，则降下风帆使用蒸汽动力驱动，这样船速会得到极大的提高，使得战舰更容易接近和躲避敌舰以完成攻击和撤退。
为了提高载煤量，海军的这型铁甲舰的排水量比预期的要增大不少，标准排水量达到了三千五百吨，满载排水量超过了四千五百吨，舰船长123.5米，宽15.3米，吃水5.4米，船体采用长舰首加外飘的设计，长舰首可以提高航速和机动性，外飘的设计能够增加船体的稳定性和提高内部的空间，整个战舰内部的有效载荷超过了一千吨，其中储煤室可以储存六百吨的燃煤，足够战舰十天的续航，加上风帆在闲事提供的动力，因此整个战舰的续航力达到了两个月左右。
这型铁甲舰若是按照后世铁甲舰的范畴来说，只能算是一型驱逐舰，因此被名为台湾级驱逐舰，舰名照地名来命名，分别名为：基隆舰（首舰）、台南舰、台中舰、台东舰和安平舰（安平是由台湾城改名之后的军城）。
其中首舰基隆舰的排水量最大，达到了3760吨，因为设计之初安装的蒸汽机的功率比较大，因此船体显得比较长，后续的战舰都更换了蒸汽机，所以长度方面略有减少。
这五艘战舰尽管目前还有很多的问题，比如说船体比较小，燃煤携带量比较少，所以续航力比较差，加上船身上的火炮配备的还是前膛炮，所以不能建立铁甲舰的封闭炮塔，在战时甲板上的士兵会显得比较密集，一旦遭到敌方的火炮命中容易遭到巨大的人员伤亡。
但是相比于其他的木质战舰，这五艘铁甲舰可谓是皮厚耐揍，船大炮多火力惊人，考虑到风帆动力的局限性，因此这个时代的海军战舰的最大吨位也不超过一千八百吨，英王查理一世时，由造船大师彼得.佩特于1637年主持建造的“海上君王