双方这个时候都在互相试探，台湾海峡上面的双方的战舰经常对对方进行侦查，使得海峡上面经常会发生小规模的海战，不过这些往往只是一些吨位比较小的舰船之间的对抗，因此并没有给双方造成什么样的损伤，为了防备中华军海军的突袭，施琅将工匠们铸造好的第一批火炮优先装备给了金门岛上的炮台，充当整个大海湾的防御支点。
至于舰船上面的火炮，这个时候至少每一艘舰船都要装备两门以上，以方便士兵们进行火炮的演练。
他的之前的海军的底子海战，但是人数比较少，加之福建的水师在他被鳌拜撤销的时候就已经开始荒废了，所以这个时候不得不招募很多的新兵，这些人都是福建一带的渔民，水性还不错，但是毕竟不是军人出身，所以训练的时间比较长，尽管如此，这个时候他手底下已经扩招了将近两万余人，加上他之前的部队，这个时候整支舰队的总兵力超过了四万人，如果算上金门和马港里面的各种工匠，他的总人数已经超过了六万人了。
六万人对于清军的后勤供应来说是一个巨大的担子，每天光是消耗掉的粮食就达到一千六百石，一个月的消耗更是达到了五万石，而且这个时候耿继茂将水军的路上通道给封死了，所以施琅的全部补给都是走的海路，每日粮食都是从温州府用小船走海路运送到平潭，再用大船护送到金门岛上。
每天光是运粮食的船队就有四五艘船只，而在这个过程中间平潭厅的位置就显得十分的重要了。
相对于金门岛来说，平潭厅的位置更好一些，不仅是海岛的面积更大，而且周围岛屿密布，水道复杂，而且距离浙江更近，若是敌人想要偷袭平潭，那么他们则必须实现对平潭厅进行一番自己的侦查。这些活动自然是瞒不住岛上的守军的，所以如果这个时候平潭厅在施琅的手中就好了。
只是可惜的时候，这座之前他率军出去避难过的大岛，这个时候已经落入了福建的耿继茂的手中了。施琅跟他沟通过很多次，甚至表示清军只是暂借这座岛屿使用，保证用完了之后就会还给福建当局，但是耿继茂就是不听，最后只是勉强答应开放平潭厅上面的一处港口给清军水军使用。这也就是目前清军水师的中转码头了。
施琅出于担心平潭岛的防御安全的问题，在这条航线上面布置了大量的兵力，加派了很多艘战船对运送物资和人员的船只进行护航，以确保他们的安全，但是一旦战事来临，这些兵力自然也要抽调一部分回来参战，到那个时候，这条航线的安全高怎么保护，施琅自己心里也没底，所以干脆利用现在这个和平的时期将主要的物资大批的运送到金门岛上储备下来。以防万一。
这个时候金门岛上源源不断的有从江浙和北方过来的船只，上面大多装载了大量的生铁和粮食，也有一些从陆军那里暂时调用的火炮，除此之外数量众多的工匠被带到了金门和马港，这两处目前还在施琅的控制之下的地方。
清军这个时候已经开始大规模的铸炮和生产枪支弹药了，海战之中除了威力巨大的火炮之外，这个时候还要装备各种火器，比如投掷类的燃烧弹，这种是一种陶瓷瓶子装填的油料弹，使用的是一种火泥。其实就是石油，只不过因为粘度比较大，所以被人称之为火泥。
还有就是明朝时期水军已经开始装备的各种火器，因为海战之中双方都会今天跳帮作战。所以如何才能对敌方甲板上的士兵形成有效的打击，便成为了当时的研究方向，所以后来发展出来了一些比较沉重但是威力不凡的火器，比如《武备志》中记载的集束火箭，这种火器规格有多种，从3连发的神机箭。到100连发的百虎齐奔，都属于这个范畴。其有效射程达到射程300米，比这个时候的火铳的射程要远的多，而且连发火箭弥补了普通火箭弹道不稳定的弱点，这种武器明军已大规模使用。
还有一种属于火枪的范畴，只是比较笨重，这就是抬枪了，明代《天工开物》最早记载其图片，带有三角支架和旋转装置，长3米，重12公斤，有效射程200米外号“九头鸟”，威力强劲，即便当时的战车也无法抵挡。
抬枪因为比较笨重，难以运输和使用，所以在陆地上应用的并不广泛，但是在明军的战船上面，这种威力巨大的武器的使用还是比较普遍的，这主要归功于舰船上面拥有比较大的空间，而且不需要士兵搬运着移动，随船就能作战。抬枪的优势在于它可以一次性发射数量众多的散弹，对敌方的有生力量造成严重的杀伤，因此被用来守城和对付骑兵，当然了，在海上用来对付敌人准备跳帮的水手也是极为适合的。
还有一种就是迅雷铳了，这是一种外形看起来像是伞状样式的火器，参考了土耳其的类似火器，最大的可以达到18管，使用火绳或者燧石击发，加上外罩后状如琵琶。发射完毕后可以作为冷兵器使用！长187厘米，重2.5公斤，易于携带使用，明军经常列队跪射，火力没有间断，在海面上因为其可以连发，相当于早期的机枪了，但是再装填比较麻烦，因此在海战之中往往使用不了几次。
除此之外海军船只上面还装备了大量的火枪和火箭，包括一些药箭，战时的作战思想是先远距离的对敌方战舰造成杀伤，击中舰船上面的炮火和远程兵器对敌方造成打击，使敌方的战船丧失行动力