大军举行了简短的仪式之后便分批登船出发，水军的战船在前，运兵船在中间，后勤补给的小型船只在运兵船后面，最后面又是十余艘水军战船确保队尾的安全。
像是为了配合明军的行动一般，这一日海面上风平浪静，大小船只都比较平稳，陆军士兵的晕船反应比之前训练的时候要好上许多，这一切都令郑成功十分满意，这一日晚上海上开始起风了，起初风力比较小，明军水军都没有太在意，加之晚上视线太差，并没有察觉出情况不对。
从后半夜起，海上的风力越来越强劲，并伴有小雨落下，明军这时候才发觉不对，但是这时船队已经靠近了澎湖，澎湖一带水域暗礁比较多，航道并不宽广，因此船队不敢改变航行，郑成功于是下令船队抛锚停航，他这一决定几乎拯救了整支船队。
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