此时的联军内部也变得微妙起来，冯信派来请降的消息传到了荷兰人那里，荷兰人欣喜若狂，明军的内乱对于他们进军台湾岛，重新夺回台湾岛这个殖民地来说实在是一个大好消息，他们一边积极准备进军台湾，一面催促清军加快动作。
但是这个时候的施琅却又不愿意进兵了，施琅他虽然是跟荷兰人联手打败了明军的水军，但是他并没有料到郑成功会在这个时候突然去世，这一下子打乱了他的很多计划和部署，施琅虽然是一名清军将领，他同时也是一名出生于南方的汉人，他明白清廷并不是真的看重他们这些汉人，尤其是他还是一个降将，一旦他将明军彻底荡平，那么他对于大清王朝对于满清贵族来说，他施琅的使命算是完成了，他们可以随便的将他一脚踢开，所谓飞鸟尽，良弓藏，狡兔死，走狗烹他施琅就像那良弓和走狗一样变得毫无用处最后被无情抛弃。
在这之前清廷将郑芝龙一家上下全部斩杀，这件事情对于施琅的触动很大，郑芝龙不仅是他的老上司，带着他混南洋当霸主，还给了他施琅出人头地的机会，郑芝龙尚且能够被清廷处死，更何况是他这个反复投降辗转不定的人呢？
因此施琅明白要给自己留一个对手，好让清廷不敢轻易的弃用自己，这个对手不能太强，对手太强了局势难以把控，他施琅也身上的压力也会变得极大，对手也不能太弱小，太弱小的话清军可以找到另外一个人替代自己，比如说明军的很多水师降将，就像之前在金门岛投降清军的明军水军主将黄庭，这个人投降的当晚就被施琅派人秘密毒死了，原因很简单，这个人的能力已经强到可以部分代替他施琅的角色了，这是他绝不容许的。
同样的，台湾岛这个时候也不能真的攻打下来，打下来不仅对自己不利，而且会白白便宜了荷兰人，荷兰人的舰队数量虽然不多，但是在金门海战中的表现却令打了一辈子海战的施琅感到十分震惊，这支军队的战术素养，战术执行能力实在是出众，黄庭的十几艘战船被他们轻松的击溃，荷兰人的船坚炮利使得施琅对他们的警惕性变得十分强烈，他以清军在之前水战中伤亡惨重，元气大伤为由驻兵在澎湖，拒不前进，不愿意协同荷兰人一起进攻台湾。
荷兰人发现清军突然变卦，游说施琅半天，施琅只是不理，荷兰人气的只能破口大骂清军失信，没有别的什么办法，然后气急之下带着军队自己去进攻台湾岛。
他们经过侦查后发现岛上的明军水军主力都在西南方向的台湾城里面，而台湾城的这支水军实力比较强劲，加上周围的地形对于荷兰人不利，因此他们没有打算直接去进攻这支明军，转而将目光瞄准了驻扎在赤嵌城一带的另一支明军，这支明军人数不算多，而且没有海军，没有海军意味着战争的主动权完全掌握在荷兰人自己的手中，他们可以从多个地点登陆，可以选择和明军作战的时间、地点甚至是战斗的规模，而明军完全只能被动的防御，在漫长的海岸线上将数量有限的部队分散开去防守荷兰人的进攻。
这就跟1840年第一次**战争的形势差不多，只不过那个时候的清军换成了这个时候的明军，荷兰人先后试探性的登陆了两次，明军很快就发现了登陆部队，紧接着大队的明军便赶了过来，荷兰人的陆军还不到一千人，不可能在登陆场跟明军硬拼，于是很快就撤走了。
很快双方都发现了对方的弱点，明军发现荷兰人无论是从哪个方向进攻，自己都不去理会，荷兰人最后还是要来进攻承天府，自己虽然没有海军，但是陆军人数远远超过荷兰人，在地面上打起来自己怎么都不会吃亏，因此干脆就不作理会了。
荷兰人发现，自己由于陆军人数有限，即使登陆成功也很难威胁到岛上的明军部队，这个时候要是清军的部队还在的话那就好办了，用清军的兵力优势可以直接威胁城中的明军，荷兰人哪怕是跟在清军后面打仗，这一仗也不会太难，但是由于这个条件已经不存在了，所以只能另想办法，荷兰人发现明军的弱点就在于，即使明军在兵力上面有优势，但是由于不敢分散兵力，害怕遭到己方优势兵力的伏击，所以明军几乎都放弃了外围的据点，这就意味着荷兰人可以出兵到岛上去，在不被明军发觉或者在明军大军赶来之前，在登陆地点洗劫一番，然后快速撤走，通过这种手段不停的袭扰明军，而且可以达到以战养战的目的。
荷兰人的这个办法果然起到了效果，在承天府周围的村庄部落很多都遭到了荷兰人的洗劫，明军每一次都派遣了军队，但是没有一次能够跟上荷兰人的节奏，总是一副姗姗来迟的样子，时间一长，老百姓再也难以忍受，他们不相信明军有足够的能力保护他们，纷纷拖家带口向北迁徙，人口的转移对于明军来说是件不容忽视的事情，它不仅意味着明军的兵源受到威胁，连带着税收，粮食供给，生产品的生产都会慢慢发生问题，只不过这个时候的明军内部又陷入了一场动乱，明军将领林凤指责冯信畏惧洋人，不敢出兵与之交战，却只顾着对明军内部进行清洗，表示不再服从冯信的领导，带着龙冠营离开承天府，向东迁徙。
冯信哪敢放他走，一旦他走了底下的将领个个效仿，那他的统制就崩溃了，于是立即出兵阻拦，双方发生了激烈冲突，冲突最后演变成了一场