朱棣迁都北京后，南京虽然被冷落了，但南京的皇宫还是保存的非常好，周皇后等人进城后，也就在各项设施依然完备的南京皇宫中住了下来。
而南京的官员们则没有任何闲着，谁都知道接下来他们的日子不可能清闲，也不好过了。很多人心里忐忑，但也有很多人充满了期待。乱世出英豪，原本被发配到南京任职的他们，或许将告别失意的日子，重新走向历史的舞台。因此，他们都在忙事，忙着打听情况，并为自己的前程努力。
在将事务初步安定后，曹越、孙传庭、高弘图、史可法、马士英等南京主要官员和权贵，也就新君人选问题及经后的国事安排进行了讨论。
在拥立何人即位的问题上，史可法和高弘图没犹豫就提了定王朱慈炯的名，随后老奸巨滑的孙传庭也额首同意了这个提意，最后表态的曹越，当然没有异议。其实谁都知道，拥立定王朱慈炯是所有人不二的选择，如果谁提出其他人选，也肯定不能说服天下人。
拥立定王朱慈炯为新君这事定下后，朝中官员人选也成了任何人不可回避的问题。不过，这一切都要由皇帝说了算，虽然新即位的皇帝朱慈炯年幼，没办法亲政，但姿态还是要做的。
因为局势紧急，在商定拥立朱慈炯为大明新君后，朱慈炯也就在后面某一个黄道吉日在南京奉天殿即使称帝。朱慈炯即位后，依然以崇祯为年号，并向天下明誓，等流寇平定、建奴被灭，还都北京的时候，再更改年号。
朱慈炯在即位登基的时候，也宣布了对其父崇祯皇帝的追赠。追赠诏令中盛赞了一番崇祯皇帝的丰功伟绩及其最后的坚贞不屈后，赠其谥号绍天绎道刚明恪俭揆文奋武敦仁懋孝烈皇帝，庙号为怀宗，将其下葬于紫金山明孝陵近侧。陵寝名为“思陵”，举国为其举哀，并大赦天下。
随即，战战兢兢还没完全进入状态的朱慈炯主持朝会。讨论朝廷官员的人选问题。在朝会举行之前，周皇后、曹越、孙传庭三人和朱慈炯进行了一番密议，最终朱慈炯听从了三个大人的吩咐。
讨论国政大事及朝廷官员人选的朝会在朱慈炯即位后的当日就进行，首先是讨论内阁首辅的人选问题。
“我觉得孙大人最有资格当大明的首辅，”曹越在众人之前。就把自己的意见陈述了，“孙大人的谋略想必大家都佩服，如果先皇早给机会，让他主持朝务和军务，说不定流寇早就被平定了。这次如果没有在他遭遇暂时的失败后换将，流寇也不可能就此做大。”
“下官也觉得孙大人是首辅的不二人选!”高弘图在曹越表态之后，马上就发表了自己的意见，说跟在曹越后面，盛选了一番孙传庭的才干。
史可法在沉思了一会后，也同意了曹越所提。支持让孙传庭出任首辅之职。见高弘图和史可法都这样表示了，安王朱统钷、魏国公徐宏基、忻城伯赵之龙、诚意伯刘孔昭及得幸逃出北京的右佥都御史高倬都跟着附和。原本想争首辅之位的马士英，见曹越这么明目张胆地支持孙传庭，其他官员没有一人站出来反对，也不敢直言相争，最终不情愿地同意了让孙传庭出任首辅。
孙传庭假意推辞了几下，最终也接受了下来，表示一定会鞠躬尽瘁，为大明的繁盛、为光临大明万里河山、为崇祯皇帝报仇死而后已。
首辅人选初定，次辅人选成了众官员接着要讨论的一个问题。孙传庭提议让马士英和高弘图、史可法出任内阁次辅。这个提议马上得到了曹越的支持，其他官员都没有这三人这般有声望，最终也在极少的异议中得到了所有人的认可，马士英、高弘图、史可法三人在谦让一番后。也就接受了此务。
接着又讨论六部的人选，六部人选的问题争执就比较激烈了，主要是因为一直以来东林党和复社及朝中其他势力相争很激烈，东林党经常成为众矢之的的缘故，一些东林党人人选遭到了其他人的攻击。还好在回南京途中，曹越和孙传庭就这个问题仔细讨论过。
因为研读过不了有关明末的书籍。曹越对明末时候的时政情况也比较了解，对东林党、复社等政治团体之争，还有明末这些官员的能力、品性都有一点了解，为了权力的平衡，他在和孙传庭讨论后，说了自己的意见，并最终说服了孙传庭。
最后争论的结果和曹越当初所提其他没有变化。
吏部尚书由史可法兼任，户部尚书依然由高弘图担心，刑部尚书之位被高倬所得，黄道周任工部尚书之职，礼部尚书之职决定让东林党元老钱谦益出任，兵部尚书之位落在了曹越推荐的张煌言身上，王铎任都察院左都御史，瞿式耜任右都御史。
因为时局危急，为了应对局势的变化，统筹调度天下军队，小皇帝朱慈炯决定重设大都督府，以曹越为大都督，掌管天下兵马。
重设大都督府，主管天下兵马，曹越出任大都督，并由其提议名下五军都督府左、右都督的人选，这个决定一由朱慈炯宣布，马上在朝堂上引起了轩然大波。大部的人都知道，出任此职意味着什么，马士英、钱谦益、王铎等人不顾一切地跳出来，反对此议。
让曹越没料到的是，那些被他掌握了短处甚至命脉的官员，如高弘图、朱统钷、徐宏基、赵之龙、刘孔昭等人，并没站出来支持他，连史可法也是一样，保持了沉默。
出来反驳马士英、钱谦益等人的