郑芝龙和郑森放弃与朝廷相抗，到南京来任职，这并没有出乎曹越的意外。他觉得，这是郑芝龙和郑森唯一的选择。如果他们父子俩想保证郑氏家庭的荣耀，那就必须选择妥协，不然一切都会失去，除非他们继续海盗的生活。
郑芝龙和郑森抵达南京的时候，曹越派了随他一起回南京的刘良佐去迎接郑芝龙父子，并暗示刘良佐，和郑芝龙说点什么。刘良佐是个聪明人，他马上明白曹越要他这样做的意思，爽快地领命去迎接，并在与郑芝龙见面后，私下交谈了一番。
刘良佐用很慷慨的语气，向郑芝龙称赞了一番曹越的英明与神勇，再忏悔了一番自己此前的自大，对朝廷的命令阳奉阴违，还祸害百姓的行为，表示他在跟随曹越后，明白了很多事，一定会痛改前非，虚心向曹越学习，誓死追随曹越。
他一再向郑芝龙表示，曹越是大明的救世主，正是曹越率领大明近卫军，以任何人都不愿意相信的方式，将流寇逼退，把建奴赶出关外。天下之人，没有比曹越更伟大者，他就是大明的中流砥柱。
刘良佐最后以非常诚恳的口气，对郑芝龙说，能听从朝廷的令，到南京来任职，所部接受大都督府的改编，成为大明新军，会是其一辈子最明智的选择。他也希望郑芝龙抵京后，能尽快拜会曹越，把自己的心意表明，如此才可以平安，才可以大有作为。
郑芝龙当然知道刘良佐的情况，也清楚刘良佐现在的身份和处境，但他想不到，好歹算英雄人物的刘良佐，竟然对曹越如此忌惮和推崇，言语间处处以自己能得曹越宽恕，很快就会有机会领军出征而自豪，对曹越没有怨恨。只有敬佩。一个原本桀傲不顺的豪杰，现在变成这个样子，背后一定大有文章。他也马上对刘良佐表现出了亲热，想从刘良佐这里打探到更多的情况。包括曹越对自己的处置。
可以毫不夸张地说，这段时间郑芝龙经历了人生中最大的煎熬，他完全清楚朝廷的诏令和曹越的私信所代表的意思。他在与同族的长者还有自己的子嗣讨论了好些天后，才下定决心，采纳了长子郑森的建议。听从朝廷的号令，到南京来任职，将手下的军队交给曹越改编。
曹越能率军数次重创建奴，在极短的时间内，将差点把流寇全部消灭的建奴赶出关外，这是何等的厉害。要知道，流寇可是在消灭了北五省的大明军队后，攻破了北京，逼迫崇祯皇帝自杀。原来的大明官军不是流寇的对手，而流寇又是建奴的手下败将。曹越能以劣势兵力轻松击败建奴，那战斗力远不如建奴的福建水师，根本不要与曹越所领的大明近卫新军相抗衡。
与其有一天被朝廷宣布谋逆，派大军讨伐，最终败亡，还不如体面地顺从，保住家族的一切，再图谋而后动，这是郑芝龙下决定时候所想的。只不过郑芝龙心里依然不甘心，他也想见识一下曹越是如何的厉害。今天听了刘良佐所说。越加的好奇起来，也有点对自己的选择庆幸了。
进了南京城后，郑芝龙马上提出，先不去驿站休息。他想马上去拜会曹越。
刘良佐也同意了，表示他会带郑芝龙父子去大都督府见曹越，只不过曹越会不会今天就接见，他不敢保证。
一行人来到位于皇宫附近的大都督府，刘良佐亲自进去通报。进去后稍一会他就出来，并让郑芝龙和郑森父子进去。
郑芝龙父子进去的时候。曹越正在大都督府正堂处置军务，看到郑芝龙父子进来后，也马上站起来迎接。
“郑都督远道而来，本都原本想亲自出城迎接，无奈军务缠身，失了礼数，还请见谅!”曹越以晚辈之礼见了郑芝龙，但却以上官的口气说话：“非常欣慰郑都督能来南京任职，如今南京五军都督府职位空缺不少，五军都督府事务都没办法正常开展，郑都督到来后，相信很多事都有人处置了!”
“下官久闻大都督之英名，今日得见，实是三生之幸事，”看到曹越这么年轻，与自己的儿子郑森都差不多年纪，但气度却比郑森不知道要沉稳多少，气势上比他这个年长者都要出色，不禁暗暗吃惊，也赶紧恭敬地回话：“下官虽然偏居福建，但也听闻了大都督许多轶事，甚是敬仰，早就想面见大都督，讨教军务之事。今次得大都督召唤，不敢有任何的耽搁，马上就率犬子郑森，来南京面见大都督。以后，还请大都督多多教诲，下官不胜感激。”
“郑都督客气了，”曹越淡淡地回了一句：“以后我们定有机会，经常讨论军务之事，也希望郑都督能把福建水师的情况，详细告知大都督府，以便改编海军之事，能顺利进行。到时候，本都一定会亲自为你向皇帝陛下请功。”
“非常感谢大都督的提携和信任，下官一定竭尽所能，替朝廷做事，帮大都督分忧!”郑芝龙隐隐地感觉到了曹越身上散发出来的气势，这种感觉让他不敢有任何的不敬表示，说话间都非常恭敬。
这时候，郑森也在其父的示意下，上前向曹越行礼。
曹越坦然接受了郑森的致意，并上下打量了其一番。
还真不要说，著名的历史人物自然有其出众之处，与郑芝龙相比较，郑森更显得有朝气，而且明显就是一个进取心非常强烈，性格非常外向，可以用热血青年来形容的那类人。
“听闻郑公子谋略出众，所学不凡，非常懂水师作战之道。今次让你到南京