朝会结束，兵部、吏部、工部、禁卫军、锦衣卫、司礼监，这几个杨毅最看重的部门，主官要么是他的手下，要么就是忠君爱国之人，总之不会跟他这个皇帝对着干就是了。
到南京不过三天时间，就成功的控制了这几个权重部门，杨毅对自己当皇帝的第一次表现感到很满意。虽然还有些不尽如人意的地方，但不影响大局，以后慢慢再做调整吧。
接下来的几天时间，南京朝廷忙于恢复各部署的真正职能，要撤换许多中下级官员，整个南京官场一片忙碌。而杨毅则和王承恩一起，对锦衣卫进行改革。
这个改革是杨毅提出来的，主旨是为了避免南京锦衣卫继续发展成为那个令天下所有人都憎恨厌恶的特务机构。
杨毅提出要求，现在的锦衣卫，职权要比北京锦衣卫减少很多。现在的锦衣卫只负责皇帝仪仗和皇宫警卫，并适当参与涉及后宫和皇室成员的谋逆、叛国之大案要案。普通文武百官的案件，锦衣卫不得再插手。所有驻外锦衣卫卫所更是全部撤销，回归南京。
如此强力削减锦衣卫的职责，王承恩本是不同意的。他认为锦衣卫职权的降低，会减弱皇帝对朝廷官员的掌控，降低皇帝的威望，对杨毅初到南京的执政有危害。
杨毅以后世的角度解释了锦衣卫权责过大对国家的危害，并说明皇帝的威望是靠富国强民来实现，而不是靠特务来实现的。本着富国强军、北伐中原的宗旨，王承恩被杨毅说服后，同意了杨毅对锦衣卫的编制和职权的重新定义。
按杨毅的指示，新的南京锦衣卫基础编制为1000人，从江南数千锦衣卫中择优挑选，军官另行任命。
新的锦衣卫，排除关系户，所有人进行公平的比武，选出2000名优胜者。再由杨毅出题考察这2000名优胜者的文化、思维、背景、忠诚度，最后择优录取1500名。有精通多国语言等特殊才能的，可额外破格录取。
淘汰掉的锦衣卫，再进入南京禁卫军选拔流程。如果不是真的那种不可救药的纨绔子弟关系户，那以锦衣卫士兵的战斗力，入选南京禁卫军基本不成问题。
最后选拔出来的1500名优胜者，以及新任命的各级军官，则在王承恩的组织下，一起听皇上亲自授课。
杨毅从ie上查询了许多现代特种部队、顶级保镖的资料，重新定义了南京锦衣卫的作用、训练方法、巡逻制度等，给这支直属于他的亲兵部队灌输许多这个时代没有的新观念。
在接下来的一年时间里，这1500名优胜者将接受杨毅安排的魔鬼训练。
每天负重20公斤5公里越野跑、俯卧撑500个、蛙跳1000米，还要练习射箭1000次，投掷标枪200次等。而且每个项目都有时间限制，超过时间未完成的还要受惩罚。
除了这些外，他们还要接受侦查、反侦查，刑讯、反刑讯，徒手格斗、夜间战斗、野外生存等训练。完了还要被杨毅派出去执行真正的实战任务，进行实战考验。
一年之后，这1500人中，将有500名成绩最差的士兵被淘汰，留下来的，才是真正最精锐的锦衣卫精英。
杨毅的目的，就是要打造一支既能时刻守护自己的人身安全，又能在关键时刻进行斩首行动的明朝特种部队，以备将来作为尖刀使用。
同时，为了锻炼自己的身体，杨毅偶尔也会跟着这些锦衣卫一起训练几个小时。
皇帝一起参加训练，让这些锦衣卫士兵感到很吃惊。虽然皇上训练的强度比不上他们，但以皇帝的身份，不去享受美酒佳人，却来跟他们一起参加训练，就已经很不容易了。这让他们感到一种浓厚的认同感，变得更加刻苦、努力，纷纷立志要练成皇上形容的那种特种兵战士。
崇祯帝裁撤锦衣卫数量、减少锦衣卫职能的圣旨下达后，给江南数省官场造成了巨大的震动。
有明一朝，锦衣卫一直是皇帝手中最恐－怖的特务组织。他们直属于皇帝，不受任何人管制，刑部、大理寺、都察院等朝廷正规司法部门都无法对锦衣卫的办案进行干扰，导致锦衣卫拥有了至高无上的特权。
为了向皇帝邀功，锦衣卫不断罗织罪名，制造冤假错案无数，不择手段地扩大牵连范围，堪称胡作非为之极。而又因为有皇上“庇护”，锦衣卫即使制造了冤假错案也不会有太大的妨碍，更增加了锦衣卫的嚣张气焰。
锦衣卫的存在犹如一把利剑，悬在文武百官的头上，不知道何时就会降临到自己头上。
而现在皇上尽然下令裁撤锦衣卫，并减少锦衣卫的职权，这对文武百官来说，简直是崇祯帝抵达南京后最好的消息。锦衣卫不再胡乱逮捕人、审讯人，无疑让文武百官轻松了不少，能将更多的精力投入到工作中去了。
再说杨毅，初抵南京，朝政刚复，事务繁多，加上南京没有内阁，各部署主官有大事要事不能擅专的时候，都要找到杨毅头上来。这几天以来，杨毅既要跟锦衣卫锻炼身体，又要学习古代皇帝处理政务，把他累得够呛。
特别是关于毛笔字的bug，作为后世人的杨毅根本不会写，短时间也学不会，实在找不到解决办法。最后只得借口自己在煤山上吊的时候产生了后遗症，将如何写字给忘了。
如此，杨毅就让王承恩给他安排了几个字写得好的太监，专门当他的秘书。有需要他批复的奏章文件，就他说，秘书写，然后他拿国玺盖上去