皇太子刘彊见母后郭圣通被废，就知大势已去。在郅恽的劝说下，他决?7??向刘秀请辞太子之位。刘秀一开始一直摇头不同意。刘彊再辞、三辞、多次辞…刘秀则一直沉默不语，不作回答…
一年半多来，皇太子刘彊一再请辞，说愿意降级当诸侯王，太子之位就留给皇后阴丽华所生的儿子吧…终于6月26日，刘秀点头了，废除刘彊的太子之位，改封东海王。但刘彊是个乖孩子，所以刘秀告诉他“王位是给你封了，但你不用急着就国，可以呆在洛阳多玩玩”同时刘秀立自己的第四子、阴丽华所生的长子、东海王刘阳为太子，并改名刘庄。
之后，刘秀又封阴丽华的哥哥阴识为执金吾、弟弟阴兴为卫尉，辅导太子。封桓荣为议郎，教授太子经书。命钟兴教授太子及诸王《春秋》，赐钟兴关内侯的爵位。钟兴辞以无功，刘秀说“你替朕教育太子及诸王，这岂非大功”钟兴答“这都是我师父丁恭教我的”于是刘秀下令封赏丁恭，而钟兴仍固辞不受。
9月21日，刘秀行幸南阳郡，随后又去往汝南郡南顿县。刘秀的父亲刘钦是南顿县令。刘秀就在父亲当年的县舍内置酒会，赐吏民，当场下令免除南顿县一年的田租。南顿县父老叩头进言“愿免十年”刘秀道“天下重器，常恐不任。朕不能料到十年之后的事呢”南顿县吏民又说“陛下您万岁万岁万万岁，何必言谦呢”刘秀大笑，决定再免除一年。之后，刘秀又巡幸了淮阳、梁、沛等郡。
西南夷栋蚕在去年联合各部落一起造反，攻杀长吏。益州太守繁胜兵败后，退保犍为郡朱提县。本年，刘秀命刘尚率军平叛。进军路上要经过邛谷王任贵所在的越巂郡。任贵担心汉朝一旦平定了这场叛乱之后，接着便会来对付自己。于是决定先下手为强，以****为名，要用毒酒暗害刘尚及汉军。谁知阴谋泄漏。12月，反而被刘尚抢先占据越巂郡治邛都县，袭杀任贵。
本年，刘秀下令修缮长安宫室，复置函谷关都尉。
刘秀的大姐、湖阳公主刘黄自宋弘拒婚后，一直寡居在家。刘秀也格外怜悯，厚赐财物，因此湖阳公主家中豢养家奴数百，难免有良莠不齐之辈。甚至有苍头白日杀人之后，便躲在公主家中，地方官员也不敢进去抓捕。包括洛阳令董宣，他也只能每天在公主门外候着，希望能有机会当场法办这个杀人凶手。终于机会来了…
这一天，湖阳公主出外郊游，竟让这个苍头做自己的骖乘。董宣这一天也正好在夏门亭等候，见杀人凶手出门了，当即走上前去，驻车叩马，以刀画地，直斥湖阳公主包庇之罪，并严叱那个苍头下车，就在公主面前直接把这个杀人凶手格杀了！
湖阳公主刘黄当即回宫来见自己的皇帝三弟刘秀哭诉。刘秀也不禁动怒，召董宣入宫，责他冲撞公主之罪，要棰杀他，给公主出气。董宣叩头道“臣有一言，愿说完而死”刘秀问“什么话”董宣说“陛下圣德中兴，却又令公主纵奴杀人，这将如何治理天下？臣说完了。也不用棰杀，臣就自己撞死在这大殿上就好了”说完果然以头撞柱，血流满面。刘秀急忙让小黄门把董宣拉住，说“你就叩头给公主陪个不是就好了”但董宣宁死不肯叩这个头。刘秀让小黄门按住董宣的头，想强行让他对公主口头。没想到董宣两手据地，终不肯俯。
湖阳公主刘黄见到这一幕也说话了“三弟当年为白衣时，尚在家中藏匿亡命之徒，吏役不敢上门。如今做了天子，反不能威行一令吗”刘秀笑答道“天子与白衣不同”转头又对董宣道“你果然是个强项令。没事了，你出去吧”为此事，刘秀特赐董宣三十万钱，董宣将这笔钱全部分给了下属。从此强项令之名威震京师。董宣搏击豪强，京师震恐。
建武20年（44）4月3日，大司徒戴涉因太仓令奚涉之案，有失察之罪，下狱而死。三公中的另一位大司空窦融也被牵连罢官。5月4日，大司马吴汉去世，送葬如西汉大司马霍光故事。吴汉病重时，刘秀亲临探望。吴汉遗言“臣本愚蒙，无甚知识。只愿陛下慎勿轻赦”
5月，匈奴侵犯上党、天水二郡，游骑甚至深入到了右扶风境内。
5月，刘秀犯风眩之疾，在云台广室召见皇后阴丽华的弟弟阴兴，封他侍中，领受顾命。病愈之后，再次召见阴兴，这次想让他接任大司马。阴兴叩头流涕，固让不为。还有太子太傅张湛，自郭皇后被废之后便称病不朝，刘秀也强起之，要封他为大司徒。张湛也固辞疾笃。最后刘秀都只得做罢。6月14日，刘秀封广汉太守蔡茂为大司徒、太仆朱浮为大司空。16日，封刘隆为骠骑将军，行大司马事。
19日，刘秀改封次子、中山王刘辅为沛王。封刘辅的舅舅郭况为大鸿胪。在郭圣通被废后，刘秀对她的弟弟郭况仍然很好。数幸其府第，赏赐金帛，丰盛莫比。甚至郭况之家被洛阳的百姓称为“金穴”
9月，马援凯旋回朝，对前来迎接他的孟冀说了一番话“如今匈奴、乌桓还在侵犯北部边疆，我欲自请击之。男儿当死于边野，以马革裹尸还葬。怎能卧于床上，死在儿女子手中呢”孟冀道“此言壮哉！为烈士当如是矣”
秋天，东夷韩国人率众来到乐浪郡，求内附。
12月，匈奴侵犯天水、右扶风、上党三郡。马援便自请出击匈奴。刘秀就给了他三千骑兵，让他出屯赵郡襄国县。马援出发时