东方玉和设计师这边的事情暂且不论，趁着东方玉进入了设计师所在的源头，正在和设计师谈话的时候，也是国家机器的力量和母体之间相互对立纠缠住了的时候，尼奥等人已经成功的冲到了墨菲斯被关押的地方了，开始想办法智取，将墨菲斯救出来。
这个时候，母体的注意力，几乎都被东方玉和国家机器的力量所吸引了，所以对尼奥等人来说，这绝对是救下墨菲斯千载难逢的机会。
不过，那个留下来的特工史密斯，显然也不是善茬，亦或者说他也存在着其他的秘密，所以相对于别的电脑特工，他在墨菲斯身上花的心思更多。
虽然尼奥等人已经是尽量的想办法智取了，不过，他们的计划却还是被史密斯所识破了，到了最后，依旧是演变成了电脑特工和尼奥等人之间的战斗。
黑客帝国的位面，人类和机器人之间的战斗，最根本的原因还在于一点，那就是拥有了追求和欲·望的人工智能，便相当于完整的灵魂了，所以，这个位面的人类和机器人才会出现战争，而史密斯，同样如此。
不同于其他的电脑特工，史密斯的追求就是自由，他早已厌倦了在母体的作用下四处奔命的生活了，同样的，这矩阵的虚拟世界，在史密斯看来简直就像是一座监狱，所以史密斯也有自己的小心思，那就是获得锡安的密码，然后脱离母体的掌控，甚至离开矩阵这个虚拟的是世界。
言归正传，当史密斯识破了尼奥等人的计谋之后，试问将墨菲斯脑海中锡安的密码视作自己通往自由的钥匙的史密斯，又如何会轻易的让他们逃离呢？
所以，一场大战是在所难免了。
虽然史密斯只有独自一人，但是电脑特工的程式，不管是在力量还是敏捷，甚至是很多的方面都是凌驾于人类之上的，甚至是以史密斯的速度，连子弹都能够躲开，试问这些人又如何会是他的对手？
尼奥等人救下了墨菲斯，正准备暗中逃跑，但是史密斯反应过来，已经追上了他们了，拳脚之间的战斗，没人是史密斯的对手，崔妮蒂，艾帕克，甚至是尼奥都败在史密斯的手中了……
“哦。墨菲斯先生，你们不能就这样离开，我的梦想还没有实现呢”，一举将尼奥他们全部都打败了之后，史密斯特工脸上挂着笑意。
抓着墨菲斯胸口的衣襟，旋即史密斯的脸色一变，目露凶光，恶狠狠的模样，道：“好了，墨菲斯先生，不要再浪费我的时间了，我的耐心已经快要被你消磨赶紧了，说吧，告诉我吧，进入锡安的密码究竟是什么？”。
“不能说，墨菲斯，不能告诉他……”，被史密斯击倒了，艾帕克躺在地上，嘴里吐着鲜血，一边开口说道。
已经服下了史密斯逼供所用的药物很久了，那是能够入侵脑海的药物，艾帕克还真怕墨菲斯支撑不住，要知道，锡安的密码那可关系着千千万万最后的幸存者的生命呢。
“哦，不不不，艾帕克先生，我们两个人说话的时候，希望你可别插嘴”，对于艾帕克插嘴的话语，史密斯自然是很不满意了，闻言摇摇头的说道。
说话间史密斯的枪口指向了艾帕克，在尼奥等人的惊叫声中开枪了，子弹直接射到了艾帕克的身上，让他住嘴了。
“好吧，墨菲斯先生，我真的已经没有耐心了，快告诉我锡安的密码，快，不然，我要当着你的面，将他们一个个全都杀死”，一直以来看起来都谦逊有礼模样的史密斯，这一刻就像是终于厌倦了伪装似的，撕下了自己虚伪的面具，恶狠狠的一把揪住了墨菲斯的头发，开口说道。
枪口又指向了同样躺在地上动弹不得的崔妮蒂。
被史密斯狠狠的揪住了头发，墨菲斯的眼神一片茫然，嘴唇几度张开，都想要开口说话，尽管墨菲斯的心智早已坚硬如铁了，可是在那药物之下坚持了这么久，墨菲斯也早就达到了极限了，看他的模样，也已经完全支撑不了多久了。
“不能说，墨菲斯，不能告诉他……”，尼奥的心下也在大声的呐喊着，只是同样受了伤，胸口的肋骨都被打断了两根，尼奥就算是想要站起来反抗，都已经是心有余而力不足了。
崔妮蒂看着指向自己的枪口，黑黝黝的枪口让她觉得恐惧，但是想到锡安那么多的民众，崔妮蒂的神色又变得决然了。
“好吧，看来这些同伴在墨菲斯先生你的眼中也不是那么重要啊”，看着墨菲斯依旧是没有开口的意思，史密斯的目光中带着森冷之色，没有丝毫怜悯和迟疑的样子，毫不客气的对着崔妮蒂就是一枪下去。
锐利的子弹直接射入了崔妮蒂的胸腹之中，让崔妮蒂都忍不住惨叫出声。
“不要！”，开枪的同时，尼奥开口大叫道，可是单凭言语如何能够阻拦史密斯呢？胸口的肋骨都断了几根，也只能嘴里叫喊几句罢了，想要让他打败史密斯那是完全不可能的了。
只是看着崔妮蒂中枪，身上气息越来越微弱的样子，尼奥心头的愤怒变得前所未有的强烈，当初发现尼奥，甚至把他带到墨菲斯面前的人正是崔妮蒂，在尼奥的心中，崔妮蒂是完全不同于其他船员的一个伙伴，眼看着崔妮蒂中枪，就快要死了，尼奥心头的怒火前所未有的强烈。
“看来安德烈先生还是挺有精神的样子嘛”，史密斯特工的眼神扫了一眼大叫着甚至怒气冲冲的盯着自己的尼奥，淡淡的开口说