当地番民也已经知道日军登陆，惊惧不已，瑯峤十八社的大头目周劳束，率领小麻里社、蚊蟀社、龙兰社、加知来社等，前来问候日军，并手捧牛、鸡示好，唯独不见高士佛社和牡丹社，正是这两社被日军认定为凶手。
4月1日，西乡从道不愿傻等，命令部队“进剿”。
日军兵分三路，分别由少将谷干城、少将赤松则良、中佐佐九间左马太率领，越过四重溪，向牡丹社出发。
4月2日，中路谷干城一部在石门，与埋伏在此的牡丹社、高士佛社发生激战，杀死了许多番人，击毙了牡丹社酋长阿禄父子，日军也有数人阵亡。
到了4月4日，牡丹社与高士佛社终于派人来求和，声称原先杀死渔民，只是误以为他们是汉人，还把所有的责任都推到了失去的阿禄父子身上。
这些番人既没有中国人或清朝人的概念，甚至也没有台湾人的概念，见日军势大便曲意逢迎，愿意听从日本帝国的命令。