查尔斯与先前反抗德肯，现在反抗死亡鸟的海盗阻星者（e）一起生活，还短暂地接触到了凤凰之力；他在地球的学生们经历了秘密战争2、简·格雷的回归、主力队伍的失踪、镭射眼妻子的作乱、奴隶岛国基诺沙的捕杀，直到x战警击再次败死亡鸟，与教授重逢。当年被打败的恶棍法罗克再次出现，露出（影王）的身份，一个没有实体，靠寄食人心恶念生存的灵体，他试图控制大群为自己所用。在这次战斗中，查尔斯再次折断了脊椎，重新坐上轮椅（由于采用了高科技，此时他使用的某些“轮椅”已经是没有轮子的悬浮座舱）。
漫画进入90年代，x战警数量增加，分成金队和蓝队，查尔斯作为总负责人，常驻后方。但这时变种人的形势已经更加严峻，他的梦想也开始失去感召力。来自未来的战士链索（cable）把新变种人的残余训练成了准军人，表达了对和平未来的绝望；链索的克隆人ryfe谋害查尔斯师生，把对变种人致命的legacy病毒释放出来；基诺沙的变种人与人类持续内战，又成了legacy病毒最大的发病地区；魔形女又一次刺杀激进议员；臭名昭著的剑齿虎表示愿意进学校改过自新，最后却仍然嗜血如狂……当万磁王带着一批信徒准备发起总攻时，他的势力已经空前强大，金刚狼的埃德曼金属被他强行剥离，差点死亡，此刻查尔斯终于对万磁王下了重手，关闭了他的头脑，使他失去思维能力。同时万磁王意识中的一股恶念也进入了查尔斯的头脑。当又一批少年变种人被找到时，查尔斯让前白皇后爱玛·弗洛斯特和老队员bahee一起去马萨诸塞州办学，原来的“泽维尔天赋儿童学校”改名“泽维尔高等教育”。
大事件“天启时代”是查尔斯的儿子大群试图到过去杀死父亲的对手万磁王，却误杀查尔斯而引发的。在那个世界，查尔斯的死激励万磁王成为了一代英雄。恢复现实后，查尔斯表现出了一些不为人知的阴森行为，其心中的消极面与外来的恶意结合，诞生出一个精神生命体on，操纵着他的身体实施一系列阴谋，最后把他吞噬，准备把全世界人变成一个精神统一体，实质上是消灭所有生命。
为了找到对抗on的方法，x战警去了查尔斯在苏格兰的秘密基地，在那里发现了他的文件“泽维尔规程”，里面不但记录了他了解的所有变种人，还记了杀伤他们的手段，包括x战警们，这使他们很吃惊，但后来他们并没有因此仇视教授。查尔斯也记录了对付自己的途径——一套屏蔽心灵感应的护甲，钢铁侠和黑豹协助完成了类似的装备，使英雄们得以接近on而不受其操纵。最后神奇四侠和复仇者的大部分英雄与on同归于尽，变种人再次成为谴责对象。查尔斯生还后失去了超能力，被特工baion（棱堡）关押，后者是一个未来版哨兵机器人，随即策划了捉尽变种人的零容忍行动。
查尔斯在棱堡倒台后逃出监狱，却发现脑波搜索机有了自己的意志，模拟成他的样子试图把人类变成数据存储。x战警及时找到他解决了危机，查尔斯也逐步恢复了异能。天启再次出现，俘虏了查尔斯等十二个具有特殊能量的变种人帮助自己实现终极改造，但在镭射眼自杀性攻击下败走。与天启结盟的变形外星人斯克鲁尔中有一批遭到同族歧视的变异者投靠了x战警，查尔斯带他们去宇宙训练了一段时间，将他们培养成一支英雄队伍。
魔形女的已故情人deiny（命运）记录了未来的命运日记开始显现，暴风等一批队员由于不信任查尔斯，担心他掌握日记后会像看到未来的魔形女一样疯狂，决定离开学校独立追踪日记。
当x战警找到治疗legacy病毒的方法后，统治基诺沙万磁王决定与人类开战，指挥手下绑架了查尔斯，把他绑在十字架上示众，直到镭射眼等来把他救出。
已经被查尔斯遗忘的孪生生命体卡桑德拉·诺瓦以老妇人形象出现，操纵哨兵机器人在基诺沙屠杀1600万变种人，被俘后占据他的身体把学校的秘密公诸于世，并准备用新开发的cerebra（脑波搜索仪）杀尽变种人，幸好查尔斯及时夺回身体，一个来自中国的变种人xorn在此时用纳米技术治好了他的腿。
事后学校顺应局势，开始公开招收变种人学生；查尔斯还依靠事业有成的变种人和人类同情者的支持，建立了遍布全世界的x-corporation（x合作社），支部位于伦敦、巴黎、香港等大都市，为当地变种人提供各种保障服务。一个流浪特工fantomax向查尔斯兜售情报时声称相信他的总资产有三十五亿美元。x合作社的特工进行着x战警不知情的秘密工作，向查尔斯和助手锻造者汇报；由于头号女特工普露登斯被军火商斯特林杀死，查尔斯决定雇佣魔形女。他装扮成万磁王把魔形女劫出监狱，和锻造者一起以提供反追踪保护为条件要求她为自己工作。
爱玛·弗洛斯特和斯科特夫妻一起主持校务。xorn担任了教师，但他却是个精神分裂者，自称万磁王在纽约大开杀戒，再次让查尔斯残废，并杀死了简。xorn被金刚狼杀死后，查尔斯和他一起运送尸体去了基诺沙，在那里与万磁王的继承人北极星进行了一次激烈的辩论，北极星把原来的万磁王巨像改建成了他与查尔斯两人的