按照这个合同，大清帝国花了100多万两银子买来的舰队，完全成了挂外国旗，听命于外国人外国舰队。而且阿思本不仅是这支舰队的司令，还成了中国海军的总司令。总理衙门原来希望的是让英国人帮助购买船炮，聘请外国官兵来组建一支新式海军舰队，但事权——指挥权归自己。
在接到这份合同后，恭亲王大吃一惊：“原来英国人想借此一举将中国兵权、利权全夺走。”
消息传出后，朝廷内外立刻一片哗然。但因急于用舰队镇压太平军，恭亲王命总理衙门仍做了极大的克制和让步，与李泰国再三谈判，经过反复讨价还价，双方另行议定了《火轮师船章程》五条，规定由中国人充任舰队的“汉总统”，阿思本降为“帮同总统”，作战时必须听从地方督抚大员的指挥调遣。同时，双方还订了攻打太平军的分赃协定：攻占南京后，所得财物“以三分归朝廷充分，以三分半归阿思本赏外国兵弁，以三分半归中国兵弁作赏；如果阿思本率舰队独占南京，则“七分阿思本充赏。”
这个《章程》一签订，立即被认为直接威胁到湘军的切身利益。曾国藩和曾纪泽等湘、淮系实力派人物一致反对。经过多路清军经过十年浴血奋战，已经屯兵南京城下，大功告成之际。曾国藩、曾国荃、曾纪泽等，都对总理衙门与李泰国的协议大为不满。
曾国藩致函总理衙门说：“购船的人把所购的船看成是自己的东西，中国得到的不是船而是指挥船的洋人。”他还抱怨说，“轮船和湘军水师的长龙、舢板相比，大小已很悬殊，速度也有天壤之别，如果都停泊一处，轮船好比华岳高耸，湘军的船则象众山之上，低列像似儿孙一般。”
曾纪泽请曾国荃上奏说：“湘军已包围南京，兵船入江无用武之地，而且各船都由洋人指挥，未必肯受地方督抚节制。”
曾国藩再次上奏说：“以中国之大，区区170万白银之船价，每年90万白银之用款，简直可以视之秋毫，了不介意。或者干脆将这些船分别赏给各国，不要别人给钱，让李泰国失去其依靠而杀杀他的骄气。”
其实在湘淮系实力派人物中，曾纪泽是与阿思本舰队打交道最多的人。在这舰队到达上海前，曾纪泽就同李泰国发生了一场激烈的争吵。
1863年5月，在阿思本舰队到达前几个月，李泰国从伦敦回到上海。第一件事，就是找曾纪泽要钱。
当李泰国来到江苏巡抚衙门时，曾纪泽外出视察他的兵工厂去了。李国泰只得再巡抚衙门里苦等了两个时辰，在中国大大小小的衙门里，李泰国从来还没受过如此冷遇，正当他要大发脾气时，突然巡抚大人曾纪泽回来了。
争吵的起因就是李国泰要购买舰队的欠款，毫不让步。
曾纪泽大怒说：“本巡抚握有重兵10万，自进驻上海以来，扫平周围的长毛，攻占无锡、宁波、扬州等地，从来没有求过别人帮助。如果你一定要为买船的欠款要挟我，一旦激怒了我手下的将士，你这几艘破船恐怕到不了天津就沉了。”
李国泰受辱，怒气冲冲地走出了巡抚衙门。虽然李泰国跑到总理衙门去告状，但是曾纪泽就是坚持不给一两银子，他花钱的地方多了去了。
曾纪泽虽然想控制舰队，但又不打算自己掏一分钱，曾纪泽所想的，是朝廷出钱购买舰队，自己对舰队有控制权。
在没有要到一两银子的情况下，气急败坏的李国泰竟然出尔反尔，向总理衙门又提出了他的十三条，并坚持以十三条未办事准则，而他竟说自己与奕欣等议定的《轮船章程五条》和他毫不相干。
后来，阿思本向奕欣提出了最后通牒，扬言若不同意《十三条》各项规定他就拒绝从事任何活动，如果不在四十八小时内，收到他想得到的一种希望的答复，那么他就将这支舰队解散，阿思本希望以此来威胁清政府，令清政府作出让步。而这一事件就是在该案中著名的“一字不可更易”照会。
事情到此，已经非常明朗，清政府连最后一点虚名都保不住了，最肯让步的恭亲王也是进退两难。
曾纪泽觉得解散阿思本舰队的时机成熟了，便请曾国藩上奏朝廷，说该舰队“有害无利，已属显然，若或勉强从事，中外将恐不能相协，将来胜责彼此争功，败则互相推诿，设一旦激发声辩，于大局关系匪轻”。
这意思有点像是说：惹毛了湘军，老子就不打南京了。
接着，曾国藩上奏朝廷，提出阿思本“意气凌厉，视轮船奇货可居，视汉总统如堂下厮役，倚门之贱客”，“水陆将士皆将引以为耻”，曾国荃亦提出：“长江水师帆樯如林，无须轮船会剿金陵。”
曾纪泽还将此事透露给美国的纽约时报等报纸，说“阿思本舰队”是推出了英国妄图独霸中国的殖民主义底牌。因此这个阴谋被曝光后国际舆论哗然，美国、法国强烈反对，在华的大多数英国人都认为李泰国等过于狂妄。
恭亲王主持的总理衙门只得退让，几经周折，终于决定“解散阿思本舰队”。
当日，清朝政府变法了上谕答复了曾国藩等人的奏折。而恭亲王也亲自给曾国藩写了一封信，谢其“惠书详论轮船办法，足征成竹在胸，荩谋宏远”。
而曾国藩给恭亲王