确立建国思想之后，曾纪泽还对大汉国的国民进行了深入了解，此时在南洋地区的华人，主要是经商的，矿工，多数为流民，都是目不识丁的劳动力，原本都是受人欺负的猪仔，对比以前的生活，所有华人都期待有一个新的政权能让他们翻身，过上好日子。曾纪泽能感到他们的切身利益和希望，他和陈金声能人谋划的新政推行，估计也会顺利，不过以当时大汉国的城市规模和人口结构，共和新政和工商立国的政策无法全面推行，曾纪泽必须要未雨绸缪，脚踏实地一步步走，而改革的第一步，就是要进行军事改革，枪杆子里出政权，这是亘古不变的真理。
人为财死，鸟为食亡。当时的社会，在一个人拥有巨大财富后，又没有强大的武力保护，很容易遭到外人窥探和掠夺，一个国家也是一样的。更不用说处于“全球抢劫”的殖民时代，当婆罗洲是一片原始森林时，没有任何经财富价值时，那些强盗自然不会“撑着”没事干来抢它。但兰芳国经过百年建设，其他华人和荷兰人也开发了这片土地，上面的金矿和矿产，带来了巨额财富。曾纪泽知道，大汉国移民过来再开发一段时间，将婆罗洲建设成一个富裕的地区，肯定会招来英国和法国那些欧洲列强的觊觎，他们就像嗜血的狼，到那时如果没有强大的武力保护，一番努力肯定白费。所以大汉国要想立足南洋地区就必须自力更生，在从广东和江浙地区来了五万移民后，曾纪泽就开始对大汉国的军事力量彻底改革，枪杆子要重新建设。
统一婆罗洲后，曾纪泽拥有的武装，黑旗军加兰芳国的当地华人武装，已经达到二万人，其中经过初级军事训练的人在八千左右，经过战场生死考验的核心战斗人员有四千人。
曾纪泽的华人武装占领婆罗洲后，面临不再是陆地上的威胁，而是来自海上的掠夺，除了列强海军，还有各种海盗，曾纪泽急切需要对华人武装力量进行整编改革，于是他策划了《婆罗洲军事力量建设》指导方案：建立曾纪泽为首的军事指挥机构，包含总参谋部、军事情报部、后勤装备部、大汉军事学院等，并逐步完善各部门机构。建立陆海作战兵种体制，依据当前实际情况，建立陆军、海军两大主要作战力量，陆军包含步兵、炮兵、骑兵、通信兵、工程兵等兵种，海军岸防兵、陆战队等兵种，曾纪泽还建立了特种部队，属于最高领导人曾纪泽亲自指挥，由陆海兵员中选拔军事素质最优秀、最忠诚的兵员组成，四百人，由苏慕白担任特种兵指挥官。
曾纪泽还在岛上建立预备役体制，预备役兵一万人，确保作战兵员及时补充，原来兰芳国就是全民皆兵的制度，这一点并不困难。
以上是曾纪泽的建设军事力量的设想，以当前地资源和条件尚无法一下子建立起来，主要原因缺乏高素质的军事人才。所以曾纪泽决定先建立大汉军事学院，亲自担任校长，以刘永福等黑旗军骨干为教官，重视实践训练。
大汉军事学院以培养青年军官为主要目的，以前曾纪泽粗糙训练黑旗军的方式，也被整理成《青年士官训练指南》，内容重新规范。规定陆军青年士官主要训练：队列、擒敌、战术、体能。
射击训练为练习一百米站卧蹲三姿精度射击，军事学院海军分院多了游泳的科目。
队列训练包括：单兵队列、集团队列、军姿仪表等。
擒敌训练包括：姿势、步伐、拳法、腿法、防击打技术、擒拿等内容。
战术训练包括：单兵战术有卧倒、持枪卧倒、端枪卧到、运动姿势为低姿匍匐、高姿匍匐、侧身匍匐，高姿侧身匍匐、滚进等；集体战术排除阵列对射战术，采用使用的散兵作战小组制，每三至五人为一个战斗小组，分散出击相互配合，进攻时以班排为最小作战单位，依次掩护、交替出击、梯子配置，减少被射击面积，降低伤亡率。
体能训练包括：五公里越野、百米冲刺、蛙跳、俯卧撑、组合体能练习等。
另外还有军事思想教育，为了保证这支军队的绝对控制权，每周五接爱军人的价值教育，包括学习军歌，保密条例，内务条例，队列条例，纪律条例等，其中纪律的第一条就是坚决拥护和执行曾纪泽的命令，保家卫国。
而且曾纪泽在大汉军事学院分科进行兵种专业技能训练，如步兵科：专业训练射击、体能、擒敌、格斗、枪械保养等各种军事技巧。炮兵科：加强炮兵的要求和建设，主要包括炮兵技术训练和炮兵战术训练。技术训练包括炮击、兵器与操作，包括火炮、弹药和技术装备的性能、构造、工作原理和操作使用、维护保养，炮兵侦察测地，炮兵通信，工程保障等。
炮兵战术训练包括：合同战术原则、炮兵战斗基本原则、战斗指挥、战斗保障，攻防作战中炮兵战斗行动和专业兵之间、兵种之间的协同训练。
工兵科：主要是学习遇山开山，缝水架桥，构建营地等。
后勤科：主要是学习如何保障部队或者基地的粮食、水、弹药补给等问题。
军事学院一期招收学员两千名，曾纪泽要求这批人大半来自贫苦华人家庭，还安排了文化课，教这些军官读书识字，他这个校长还亲自去军事学院授课。
曾纪泽成立陆军部，刘永福担任陆军参谋长，陆军编制一万二千人，建制仿照二战时期英军编制，旅下设两个步兵团