黄遵宪毕竟来日本的时间还短，他之看到了表面，只看到了日本西化的城市交通，越来越长的铁路线，政府把持的报纸对明治维新成功经验的不断渲染，却不知道日本建立的那些工厂，已经越来越难以为继，即将在大隈重信的推动下，廉价变卖了。
总之黄遵宪刚来日本，对日本还是颇有好感的，日本人对大明外交官颇为尊重，不止大明，几年前满清外交官来的时候，也是受到了日本的热烈欢迎，他们对受到亚洲大陆国家的重视而高兴，政府渲染这标志着，在隋唐之后，时隔一千多年，大陆国家再次与日本建立了官方联系。
日本也有大批儒学学者，经常来向黄遵宪讨论和请教，短短两年时间不到，黄遵宪在日本汉诗坛，已经颇有地位了。
对日本的好感，让黄遵宪很难理解，为何跟他相处的那些看似颇具古风的日本人，竟然会无故将一个传统友好恭顺的友邦，甚至还是日本藩属国直接灭亡呢。
他当然了解日本的想法，他们认为如果不直接兼并琉球，会导致永久失去琉球，可琉球并不是日本的啊。因此黄遵宪是知道日本人的想法，却不知道为什么日本人会有这种想法，岛国天生的危机感，这时代的学者还没提出来这个概念呢。
但既然日本人做出了这样的事情，大明决意介入，那么黄遵宪就一定要为国服务，这是洋务司学校的老师们所教授的原则，哪怕不符合道义，外交官也要服从国家的利益，外交官就代表国家。
更何况，处置琉球事件，大明赚够了道义上的好形象，在东方是锄强扶弱，为小国主持公道，在西方是维护地区和平，让地区恢复良好的秩序，所以即便之前跟大明有过冲突的英国，也无法这个大光明的介入，只能打着调停的幌子，从中发挥作用。
谈判很不顺利，日本人在谈判桌上不肯让步，他们愿意送回琉球国王，让琉球复国，这是大明接受调停的基础，也是在强大的大明舰队兵临日本之后，日本一批死硬派才勉强低头的，他们之前知道大明有强大的铁甲舰队，但是他们没见过，他们眼里英国偶尔停泊在日本港口的军舰就是世界上最雄壮的巨舰，可那些不过是英国的巡洋舰罢了，大明的铁甲巨舰竟然比英国軍舰更雄壮，炮口比英国軍舰更粗壮，眼见为实的震惊，让他们妥协了，朝野达成一致跟大明谈判。
以允许琉球复国为基础，在英国的调停之下，大明才同意了跟日本进行谈判。
可是谈判中又有了变数，日本拿出了琉球王手写的向天皇效忠的文书，证明琉球国王是主动归附日本，主动请求废藩置县，主动版籍奉还的。
大明则认为，琉球王已经到了日本，失去了人身自由，所做的一切决定，大明都视作是在日本政府的逼迫下，强加给琉球国王的，要求日本必须尽快释放琉球国王，在琉球王恢复人身自由后，所做的决定大明才能够接受。
双方僵持不下的第二个原因，可能也是最重要的原因，则是大明向日本索要出兵军费，认为大明之所以借兵给琉球，完全是因为日本无故灭绝琉球国家导致的，日本必须为此承担全部责任，包括支付大明、越南和清军的出兵费用，而不能让琉球国承担这笔费用。
大明计算的费用很多，多达三千多万两银子，这笔费用并没有乱要，因为大明政府雇佣本国商人的商船都是高于市场价三倍的，很大一笔钱都砸进了这里面。
同时还向日本索要大明商人的损失费用，因为大明的撤侨行动，导致三千多大明商人的利益受损，这笔损失日本政府也需要赔偿，数目是两千万两，显然大明商人在日本的规模，远比鴉片战争时期，英国商人在广東的规模大。
总计五千多万两的赔款，日本政府无论如何都是拿不出来的，当他们觉得战争的成本比和平还要小的时候，战争也就不是不能承受的代价了。
也许跟大明打一仗，让他们觉得日本也不是好惹的，没准他们就会妥协了。
这是日本一部分人的想法，可是黄遵宪收到国内的情况让他觉得，如果真正开战，就不会是小战，而是一场战火燃遍日本的大规模战争，比日本历史上任何一次战争的规模都大，他告诉暗中来访他的日本友人说，除非日本人打算回到战国时代，否则赶紧认输，有多快就多快，留给日本的时间不多了。