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大批士绅的被抓和被流放，并没有对江南地区的经济造成多大的损失。
在镇压游行后，朱由校下旨到应天巡抚，着令应天巡抚不但要优恤百姓，还要适当补偿江南各大店铺和作坊的损失，毕竟这些商业是维持江南国民生计的基础。
朱由校可以打击大地主大乡绅的产业，但这些中下等规模的产业得加以保护，暂代应天巡抚的南直隶右布政使何长卿倒也干练，很快就拿出了补偿方法。
补偿金额暂定为一百万银元，但凡在户部或南京户部注册了的商业店铺都可以凭借注册执照来南京户部签署补偿协议，根据产业规模和商业品类获得数额不等的补偿金额和补偿比例。
于民有利于国有利的自然是比例高，无害无益的自然比例低，有害无益的自然更低。
比如一个产业规模为一万银元的铁器作坊如果在朝廷户部注册为合法商业户，就可以获得百分之十的补偿，即一千银元的补偿，如果是同样规模的赌坊，则只能拿到一百银元。