段祺瑞主动道歉，袁世凯间接道歉，化解了弹劾段祺瑞危机，暂时减缓了第一届内阁政府的种种矛盾。尽管此间事了，可是从这件事上大家看出来王永安的能力，也看出来袁世凯与唐绍仪之间的矛盾，南方报纸开始大肆报道北洋内部矛盾，并声称袁世凯渴望独裁统治中国云云，批评袁世凯是一个独裁总统，不肯放权。
段祺瑞的篡越行为最终以失败而告终，他得知前因后果，知道是王永安在背后捣乱，于是将这个仇恨记在了王永安头上。
其后各部长开始陆续发布内阁十二部的组建声明和人员结构，并陆续接管前朝的各种职能，农林部长陈其美拒不接受任职，他表示自己愿意留在上海戡乱，防止有人趁机搅乱政府。陈其美是绝度不相信袁世凯的，他的军队也不愿意接受陆军部的整编。但陈其美耍了一个花招，他下令自己的部队摇身一变成为警察，而警察一般都是归地方政府管理，这导致了中央拿这个拒不上京的陈其美毫无办法。最终袁世凯大怒，免除了陈其美工商部长一职，同时委任郑汝成担任上嗨督军，只让陈其美担任上嗨工商理事会主席。
工商部长既然被免职，那么便空下拉一个位置，袁世凯授以唐绍仪提名蒋作宾担任新的工商总长。这蒋作宾是武汉革命党，与南京革命党势不两立，此举引起了南京革命党的不满，当袁世凯将委任书提交国会之后，立即遭到以南京革命党人为首的国会的拒绝，国会未通过蒋作宾担任工商部长。
国会的这一举动进一步加剧了南京与武汉革命党之间的矛盾，随后袁世凯提议参议员刘揆一担任工商总长，虽然刘揆一是鄂省人，但是他一直在南京，因此获得了通过。刘揆一担任工商总长之后，内阁十二部总算是凑齐了，随后人事任命陆续颁发下来。
然而各部之中唯独陆军部的人事任命颁发得最慢，尤其是陆军次长的委任书，也许是段祺瑞忘记了，也许是他有意为之，偏偏不给王永安颁发，以至于陆军部各总署人事任命都颁发下来，独独王永安的任命书没有。
大家都知道这是段祺瑞在报复王永安，纷纷替王永安担心。可是王永安却非常悠闲，每天在京师四处游玩，看不出半点的焦躁之情，反倒是段祺瑞急了。终于在唐绍仪批评陆军部人事混乱之后，段祺瑞颁布了人事任命，王永安担任陆军次长，主持军事教育与军纪军法管理工作，并派遣王永安立即前往保定陆军士官学校整理混乱的校区。
王永安随后派遣手下姜登选前往保定陆军士官学校，然后故意来到陆军部向段祺瑞报告，申请保定陆军士官学校经费五十万两银子用于改善军校建设，气得段祺瑞说：“有五十万两银子，我就能够建两个镇的军队了。”
“办什么事儿不要钱呢，现在的军校教学楼老旧，教具简单，学生训练环境奇差无比，如果再不改进，全国人民都会骂你这个陆军部长无能了。”王永安故意说道。
段祺瑞气得够呛，让王永安自己去解决。
王永安离开陆军部，当真自己去解决了，他倒没有用自己的钱，而是想到了一个办法，借钱。他找到四国银行，除了洽谈迪海铁路一事，还希望四国银行能够提前支付一笔银子。等陆军部有钱了，再还给陆军部，并且他以陆军部的名义去借钱，将来四国银行筹钱，大可以向陆军部讨要。
四国银行考虑了一番，决定借给陆军部十万两银子，王永安高高兴兴地拿着这十万两银子向段祺瑞表功，气得段祺瑞大喊道：“王靖云，你怎可以陆军部名义借款？”
“不是你让我自己想办法吗？我这都是为了中国的陆军着想，我能借到银子是我的本事，你应该表扬我才是。不过我不需要这种表扬了，只是这十万两银子全都被我用在军校的建设上了，不知道段总长什么时候有空，我带你去保定陆军士官学校看一看，什么叫做旧貌换新颜，什么叫做……”
“滚！滚！滚！”段祺瑞气得鼻子又歪了。
王永安与段祺瑞在陆军部斗智斗法被传到了袁世凯的耳朵里，袁世凯也颇感无奈，若是别人也就罢了，肯定被袁世凯免职算了，可偏偏是这个王永安，此人能量不小，前一次险一些让自己下台。段祺瑞成了王永安的上司，日日提心吊胆，此人脑后生有反骨啊。
当然，袁世凯最近焦躁的不只是陆军部的内斗，各界报纸纷纷对他的批评，让他压力倍增。几日之前全国报纸称赞袁世凯是中国的华盛顿，这才过了几天，袁世凯就成了报纸陛下的独裁者了。
袁世凯也气得够呛，他指责报纸乱说话，并要求内务总长赵秉均立即抓捕那些乱说话的报纸编辑。赵秉均表示为难，那些报纸都在法租界内，自己无法进入法租界抓捕。
“碍事的法国佬。”袁世凯只能大骂法国道。
恰巧法国人此时向民国政府提出，向能够扩大法租界范围，杨度建议说以此作为条件，让法租界不再庇护那些反动编辑。袁世凯考虑一二之后，还是拒绝了杨度的建议，并同时拒绝了法国人扩大法租界的要求。
此时四国银行与日本向袁世凯施压，要求袁世凯尽快批示迪海铁路计划，袁世凯不敢随便签署迪海铁路修建计划，毕竟如果将这条铁路交给洋人，则极有可能背负骂名。此时段祺瑞与王永安之间的矛盾越来越深，段祺瑞指责王永安支持六国合建铁路是卖国行为