军功档案文书局局长于泽清上校，副局长卫柏华少校。
退伍士兵管理局局长王士珍上校（兼任），副局长程浩少校（南洋籍，熊凯玉，柳刚志都不愿意接收，何长缨只好带回了旅顺）。
海军军令部军令长刘步蟾，副军令长叶祖圭，邱宝仁，李和，林国祥，四个副军令长负责海军的内勤，军需，修筑，船坞，基层人事，海军官兵技能培训考核，等各种事宜。
——（注：几位北洋管带事前已经明确不接受抗倭军的军衔任命，只是负责整合海军力量，与日军联合舰队继续战斗。）
陆军部部长吴威扬少将，第一副部长林云瑜少将，第二副部长郝天胜少将，第三副部长李振华少将。
宪兵部队司令陈世杰少将，副司令鲁招妹中校。
警察治安局当前只为一个确立议题，等今后各军区整合设立之后，再行完善建立。