东晋第六位皇帝，成帝子，穆帝堂兄，哀帝司马丕。哀帝本应继（成帝）司马衍之位，但由于权臣庾冰的反对而无法即位。在穆帝司马聃病逝无子后，361年由禇太后立琅琊王司马丕为皇帝，但因大将桓温当国，哀帝形同傀儡。哀帝即位不久就迷上了长生术，按照道士传授的长生法，断榖、服长生不老之药，结果哀帝服药后药性大发而不能听政，遂由褚太后再次临朝。
东晋第七位皇帝，成帝子、哀帝同母弟，废帝司马奕于365年即位。桓温掌握朝政，且桓温也有意废掉司马奕自即位为皇帝，在位5年被大将军桓温废为东海王，又贬为海西公，迁居吴县。之后司马奕心灰意冷，提心吊胆、苟且偷生，沉迷于酒色至死。桓温改立新帝后，开始陷害一些政见与他不合的皇族和大臣，将殷、庾两大强族的势力削除殆尽。
东晋第八位皇帝，元帝少子，简文帝司马昱。371年十一月己酉日被桓温拥立为帝，完全听命于桓温。东晋自司马睿开国江左以来，一直处于士族门阀的轮流支配之下，形成门阀政治的格局，而除了元帝司马睿、明帝司马绍稍有作为以外，其他皇帝都是几乎傀儡般的存在。到了简文帝司马昱时，这种皇权不振、士族专权的局面更达到极点，桓温完全掌控了朝廷大政，连谢安都视其为“君”，史称“政由桓氏，祭则寡人”。第二年七月司马昱得了重病，连发四诏催促尚居姑孰的桓温入朝辅政，桓温故意推辞，简文帝遂遗诏“大司马温依周公居摄故事”，又说：“少子可辅者辅之，如不可，君自取之。”此时的晋朝国运可以说到了千钧一发的地步，因为桓温完全可以凭借简文帝遗诏而篡晋自立，这是其他士族所不愿看到的。出身太原王氏的侍中王坦之迫简文帝同意将遗诏改为““家国事一禀大司马，如诸葛武侯（诸葛亮）、王丞相（王导）故事。”就在晋室命悬一线、不绝如缕的关键时刻，各家士族门阀联手阻止了桓温篡晋的阴谋，确保了司马曜的顺利即位及东晋王朝的延续。桓温原本指望简文帝司马昱去世前禅位于他，或自己摄理朝政，但大失所望，于是拒绝入朝，直至宁康元年（公元373年）二月才到建康朝见孝武帝，并带兵入朝。群臣惊慌失措，由于侍中王坦之、吏部尚书谢安应付自如，恒温才没有发难，晋朝得以安宁。三月，桓温退兵。七月，恒温在姑孰病死。
东晋第九位皇帝，简文帝司马昱三子，孝武帝司马曜，母亲是孝武文太后李陵容。372年即位。即位初期由从嫂崇德太后褚蒜子临朝听政。14岁时（376）开始亲政，实权由谢安为代表的陈郡谢氏掌握。即位时期由于税赋改革与谢安当国，被称为东晋末年的复兴。司马曜是汉族王朝第一个公开信佛的皇帝。谢安当权的最大弱点在于没有可靠的军事力量支撑。由于对内要防范仍在荆州盘踞的桓冲势力，对外要对付日益强盛的前秦政权，谢安推举自己的侄儿谢玄为兖州刺史、徐州刺史，驻节北府（今江苏镇江）。谢玄招募刘牢之、何谦、诸葛侃、高衡、刘轨、田洛及孙无终等骁将，整合他们麾下以流民为主的军队，组成了赫赫有名的“北府兵”，这不仅是巩固了陈郡谢氏的势力，更为江左华夏政权的存续提供了坚强的保障。太元八年（383）七月，“五胡十六国”中的“（前）秦”（宣昭帝）苻坚，兵发90万大军南下灭晋，谢安等指挥8万晋军在“淝水之战”中以少胜多。谢安死后司马曜利用士族门阀人才断层的空档期，致力于冲破门阀政治的格局，恢复司马氏皇权，遂以其弟司马道子代替谢安执政，并成为东晋开国江左以来最有权力的君主。但司马道子当国，以及孝武帝嗜酒成性，优柔寡断，导致东晋政局再度陷入混乱。396年九月庚申司马昱被宠妃张贵人杀死。
东晋第十位皇帝，孝武帝司马曜长子，安帝司马德宗。第一次在位是397~403年，第二次在位是404年~终。安帝继位时，东晋皇帝的地位已经大大下降，朝外许多将军实际上自立，不受君命，朝内的权力也往往落在大臣手中。安帝的智力有点问题，说话不太利索，连冬天与夏天的区别都认不出来，因此朝廷的权力实际上完全由当朝大臣掌握。安帝初期朝廷政策主要由（会稽王）司马道子主持。隆安元年（397年），尚书仆射王国宝、建威将军王绪倚仗当权的会稽王司马道子，图谋削弱各方镇，引起青、兖二州刺史王恭不满而起兵，桓玄遂怂恿荆州刺史殷仲堪响应王恭，朝廷畏惧，故杀王国宝、王绪以息事宁人。隆安二年（398年），桓玄向朝廷求为广州刺史，司马道子任命其为督交、广二州军事、广州刺史，桓玄受命后却不到职。豫州刺史庾楷又因不满其辖区被割予江州，因此以讨伐司马道子心腹谯王司马尚之、江州刺史王愉的借口再度举兵，更联同了荆州刺史殷仲堪、广州刺史桓温之子桓玄及南郡相杨佺期，并再推王恭为盟主。司马元显受命为征讨都督、假节，统率王珣、谢琰、司马尚之等对抗，王恭因其北府兵出身的部将刘牢之叛