为了报答拯救东瀛区的集，ghq删除了集的犯罪资料，他被无罪释放了。
学校里不少人都看到集被ghq带走那一幕，集回到学校，一路被人指指点点，幸得学生会长帮助，摆脱尴尬。樱满集回到班级，意外得到寒川谷寻再未出现的消息。他心中有道槛不问清楚就迈不过去，但被背叛的心情却让他停在原地，假装看不到消失的寒川谷寻。
经历了不少事后，集终于接受了自己拥有力量这事，如果没有这份力量就不能保护想保护的人。如果将用这份力量保护普通人当做一种工作，那么樱满集算得上是事业成功，情场失意的典型。不仅被恙神涯绿，甚至为达成目标，送心上人给基友绿，好在最后什么都没发生，而结果也不错，集和飒太彼此敞开心扉，终于坦诚见面。
和朋友袒露心事后，樱满集终于变得自信起来。
然而在他准备出发去找寻谷寻问清始末时，意外发现了在家等死的润，从他口中得知了自己不知道的真相，涯杀了谷寻，而润在见到谷寻经常提到的涯之后不久，终于无法坚持下去彻底晶体化。大雨中集无助地抱着祭哭，他终于明白自己和涯不是一路人。（剧情修改）
在涯向集发布任务时，集严辞拒绝了，他甚至和葬仪社断绝往来，却无法狠心删除楪祈的联系方式，他以为两人之间的感情，自己的心意都是真的。
涯和绫濑准备劝说集回去，集拒绝了。最后涯用一枪空弹，代表集和葬仪社就此两断，同时也将楪祈叫走。
回家时，集看到楪祈还在，然而她那张脸却让他想起最近几个月一直缠绕在脑海中的梦境，心中的悲愤外加来自各界的刺激，促使他打掉了楪祈伸出的手，他切断了自己和葬仪社的联系，否定了这段时间做过的一切，他认清自己并没有保护他人的能力，而且自己也不可能成为涯那样的人，无法眼睁睁看着别人去死，也不可能因为别人的背叛就施以惩罚，就算拥有王的力量，却也不过是个没用的人罢了。
葬仪社为了起源之石选择劫机，然而他却中了嘘界少佐的计，于此同时，嘘界激发了起源之石的力量，散发出天启病毒。
另一边，集失去了楪祈之后，将自己心中的失落强加在祭身上，强行将祭当做楪祈的替代品，却被深爱着自己的祭打了一巴掌。从祭口中，集终于认清自己，他拥有了力量，而这种力量却让他迷失了本性。
这时，基因共鸣之歌响起，许多处于病毒基因爆发边缘的人，身体出现结晶化。东瀛区所有人都感受到了这个声音，各地纷纷出现结晶化的人，各地开始暴乱，东瀛再一次陷入混乱，而这都是茎道修一郎在背后推动的结果。
这时，电饭煲在秘密基地找到集，鸫通过飞纳鲁痛骂了集，同时表明楪祈已经失联的事实，并将过错全部推到樱满集身上。
为了补救，集叫来班长草间花音、飒太、祭和学生会长供奉院亚里沙，他的面前摆着三条路。第一欺骗他人，令对方走向自己需要的方向；第二将一切告诉他们，沟通后行动；第三直接命令他人。这三条路是涯表现给集看的方式，他可以确定的是，如果涯在这里肯定会选择三条路中的一个，但他不是集，他选择了自己的路。
他终于觉醒了自己的道路。
在所有人都需要他的时候，所有人都在拼命努力的时候，所有人共同念着某个人名字的时候，楪祈唱响《》，解除了东瀛全境仍旧存活的，所有晶化的人们。
集终于赶到楪祈身边，可突然出现了一个同样拥有王之力的人，他从楪祈的身体里抽出虚空大剑，一剑砍在涯的身上，将其重伤。集终于想起曾经封存在记忆中的过去，包括恙神涯的身份和姐姐真名。
跟在达·亚特身后，集来到了一个奇异空间。在此地，茎道修一郎向集解释了一切，他要利用楪祈复活真名，向真名求婚，成为新世界的亚当。
嘘界选择帮助樱满集等人，然而却迟了一步，因为樱满集还差最后一个要素没有想起，那就是失落的圣诞当天，恙神涯将樱满集叫到教堂，告诉集一切的时候，发生的事。
他亲手推开了自己的姐姐，放弃了拯救她的机会，拒绝了她，也正是他的拒绝引发失落的圣诞，导致姐姐的毁灭。
回想起一切的集准备再一次将姐姐的意识送入沉睡，集从涯的身体里抽出一把枪交给涯，这是涯和集第一次携手战斗。在涯的活跃下，集终于将楪祈救回。
利剑穿过涯的身体，由茎道修一郎再一次引发的“失落的圣诞”终结了，集最后只拿回楪祈，却没能带回涯。
虽然没能拯救东瀛，但却完成了小时候的理想，涯可以永远都守护在真名身边了。
“动画结束了啊！”
“是啊，短短十二集就结束了，不过也算是个不错的结局呢，虽说葬仪社毁了，涯死了，但却阻止了真名复活，拯救了无数人，算是大团圆结局吧。”
“是啊，真不错，虽然比不上《魔法少女小圆》那样感动，但主角确实在成长，就是有几个问题我一直很在意。比如那个守墓人，他为什么也拥有王的能力，既然他有这种能力，为什么不成为新世界的亚当，反而帮助茎道修一郎那家伙，还有就是最后，为什么那家伙又说茎道修一郎失去资格，难道是因为集从涯身体内抽出虚空，涯没有失去意识，这代表能力进化，还是涯特殊，这些全部都