随着元协的正式诏书下达到邺城，诸葛亮这位新鲜出炉的冀州牧，就走马上任了。冀州是中原第一大州，地广钱丰，元起一定要留一位肱骨之臣镇守并管理冀州，他才能够放心。把诸葛亮留在冀州，元起有两方面考虑。
一方面，冀州钱粮丰足，人丁兴旺，是北方六州最繁华、最富庶的地方，今后很长的一段时间内，都将会是北方六州的经济中心，元起必须要留一个有才能的人来管理才行；另一方面，冀州地理位置十分重要，是元起进军中原的桥头堡，南边与兖州、司隶校尉部相连；东边比邻青州、东海；而这些地方可都是中原要地，除了司隶校尉部之外，其余的地方都掌握在宇宫照烈的手里，这些因素，要求留下来镇守冀州的人不但要有出色的内政手腕，还要具备卓绝的军事素养。鉴于这两点，元起才让诸葛亮担任冀州牧，正式把诸葛亮推上前台。
正所谓一个好汉三个帮，在诸葛亮出任冀州牧的同时，元起还为他留下了三位好帮手。诸葛亮的好友徐庶被元起提升为冀州牧长史，协助诸葛亮处理冀州的内外事务；同时度辽将军张纵以及安北将军徐挡也被留了下来，负责训练军士，统率部队，并肩负着抵御宇宫照烈的潜在任务。
上任之后，诸葛亮在元起的授意下，对冀州进行了大刀阔斧的改革。首先，诸葛亮传檄镇守在魏郡的宇宫洪，要求他退出冀州，保全冀州的领土完整。宇宫洪很快给诸葛亮回了一封书信，说兹事体大，他不能做主，要向宇宫照烈申请命令，请诸葛亮耐心等候。对此，诸葛亮倒是并没有很在意，宇宫洪的表现在他的意料之中。不过诸葛亮相信，宇宫照烈一定还没做好和燕军开战的准备，大战过后，无论是宇宫照烈还是燕军，都需要休整，以宇宫照烈的精明，他绝不会在这个时候霸占着魏郡不放的。那样就等于是向元起发起挑战了，要回魏郡只是迟早的事。
其次，诸葛亮对刚刚结束的大战做了一次彻底的清查，在这次大战中，共计俘虏了三十三万降军，另斩首十万余人。在处理俘虏的问题上，诸葛亮秉承了元起去芜存菁的做法，从中挑选出精壮十八万，其余的人一半遣散回故乡，让他们回乡务农；另外一半则是连同家小一起打点行装，准备迁居到燕京及周边各郡县去，以加强燕京地区的劳力。带动幽州的经济发展，尽快从整体上赶超冀州。那些从袁丁麾下投降过来的官吏，元起则是专门成立了一个考核组，对他们进行考核，只有才能和人品都过关的人，才会官复原职，甚至还会得到升迁，而那些不合格的人。对不起，燕王府可不是可养闲人的地方。另外，燕军在这一战中牺牲的人数，也被清点了出来，自从元起组建军队开始，这一战的损失是最大的，有四万多人战死在了沙场。四支精锐也受到了不同程度的折损，其中尤以麒麟军伤亡最大，战损超过五千。对这些战死的将士，诸葛亮把他们的名字书写造册。一边让工匠在忠烈碑上镌刻他们的名字，一边在冀州的府库中调拨大量的钱粮，向战死将士的家属发放抚恤金。
清点好了战损之后，诸葛亮又把整顿的方向，对准了冀州内部的各个士族。一些奉公守法的士族，诸葛亮没有动他们；而大部分剥削老百姓、靠吸食老百姓血汗度日的士族，却遭到了诸葛亮的严厉打击，张纵在诸葛亮的命令下，对那些无恶不作的士族进行了抄家，把他们霸占的良田重新分发到冀州百姓的手中，然后把他们驱除出冀州。至于个别罪大恶极，让老百姓怨声载道的士族，诸葛亮毫不留情，直接让张纵推送到邺城的广场上，当着老百姓们的面，开刀问斩。在把良田和钱粮分发给老百姓们之后，从那些士族家中抄出来的各种财富、物资，依然堆积如山，让元起不由得发出一夜暴富的感叹。诸葛亮对士族的一系列措施，让那些比较善良的士族们心悦诚服，同时也让冀州的数百万百姓很快安定了下来，彻底走出了战争的阴影，真心实意的拥戴起燕军来。
最后一个整顿的方向，诸葛亮放在了冀州境内的军民身上。这一点也是元起最先提出来的，每占据一个州，元起都会让人普查人口，并登记在册。现在，诸葛亮也进行了同样的工作。经过数日忙碌的普查，冀州的人口终于得到了一个比较详实的数据，军士的数量就不用说了，前面已经说过了，是十八万，当然这是不算各地郡兵在内的，而各地的郡兵在优胜劣汰的淘汰下，在减去以前的一些官员虚报士兵人数，自己从中吃亏空的现象，最后得到的数量一共是六万三千人。至于人口，在除去将被元起带回燕京的八万降军以及他们的家属，依然有着四百多万之众，这可是一个了不起的数字，在历经数十年的战乱之后，冀州依然拥有这么多的人口，不得不说是一个奇迹，不愧中原第一州的称号。当然这其中也有一些宇宫照烈的功劳在内，宇宫照烈攻克半部青州的时候，大量的军士和流民进入了冀州境内，现在全便宜元起了，人口在任何时候，都是最最珍贵的资源。
冀州的事情告一段落之后，元起就准备班师返回燕京了。周瑜在这个时候提出了辞行，这次周瑜率领三万江东军前来助战，正可谓是雪中送炭，着实帮了元起不少的大忙，元起对朋友是毫不吝啬的，每一位准备返乡的江东将士，都得到了一笔不菲的酬金，战死的数千名江东