以下是我按照电影的情节对这个计划的推理。
这个计划的开端是设立这个人类觉醒者的收容所，由于对人类觉醒者的杀戮往往导致更多人的觉醒，与其如此，不如把这些觉醒者踢出系统，并且统一监管起来，amp;bsp;与其说是人类自由的乐土不如说是一个大监狱，为什么这样说，要知道是atr派出的人建立的（位置atr当然是早知道的），而这些人理所当然的成为的领导层，所有人实际上是在atr控制的人监管之下。由于人类是有繁殖能力的，的扩张也是必然的，为了防止因强大而失去控制，所以atr要定期毁灭（举手之劳而已），而这个过程和atr的升级计划合二为一。
第二步是创造一个人类觉醒者所崇拜的“先知“，由于atr对人类长期的研究发现，人类是非常迷信的（人类把这个称为信仰），对“奇迹“还是“圈套“缺乏理性的判断力（有些看电影的人还一直坚持认为先知是在帮助人类连看电影的人都被迷惑了），先让先知给那些“反抗军“少许“甜头“，然后就可以把这些家伙在atr里的行动也控制起来。
实际上电影里无论墨菲斯还是所有的行动都是那个先知提示的，他们在有所行动前已经习惯性的要到先知那里去“批命“，这种精神控制的手法其实一点也不新鲜，人类社会的邪教组织一向都是用这样的手法，区别是邪教一般是用一些小骗术来骗取他人的信任，而这个先知是通过高速电脑事先计算出未来事件的发生（所以这些事都不是一定会发生的，是需要先知这样的角色来引导或诱发才能达成的）来取得人类的信任。
第三步就是给这些的人类创造一个虚幻的希望“tp;bsp;“（救世主），也就是电影中的主角，他还有一个作用，由于那些逃避删除的程序熟悉atr的操作手法，他们可不会吃“先知“的那套把戏，要对付这些“危险的系统垃圾“也需要借助这个特殊的角色，在电影里，在先知的诱导下（让他去找钥匙人）去踢了法国人的场子，消灭了他很多能力强大的手下。
为什么不消灭法国人，因为法国人起的也是类似的作用，他把逃避删除的程序收集起来当做手下，就象把垃圾扫到垃圾桶里（法国人说白了就是一扫地的），这样才好一次倒掉（由tp;bsp;来负责一次倒掉），估计每次atr升级都会有个tp;bsp;听了先知的引导，到法国人这里来打砸一翻，所以法国人对先知的这种手法既痛恨又无奈，这也是他想要挖先知眼睛的原因。
第四步就是开始清理系统内外，这个步骤需要先知的诱导和的强大能力，首先是使获得能力并对先知言听计从，这段过程大概是黑客第一集的内容，然后就是对系统内的逃逸程序进行打击，先知以找钥匙人为诱饵，让一伙和法国人的手下火拼，结果法国人手下全灭。
法国人夫妻出于对这个“游戏“玩法的了解始终没有出过手（不但没出手还提供帮助，法国人老婆在意味不明的一吻后提供了帮助，谁知道不是他们两夫妻事先约好的？），这个过程在电影第二集里有详细描述。最后是对进行清理，消灭所有的战斗力量，早就知道位置的atr不费吹灰之力就把的反抗力量消灭，这些内容在第三集里有详细描写。
最后的一步比较麻烦，mp;bsp;神话毁灭，并排除先知的所有的“嫌疑“，然后在所有在atr里的人类都没有察觉的情况下重新启动atr（我猜想可能是类似于更换一下游戏服务器主机），其中tp;bsp;这个角色在整个计划中是即必不可少又相当危险的，对这个角色的控制不当会有非常严重的后果（这从黑客最后建筑师和先知说的那句：“你玩的是非常危险的游戏“可以知道）。
消灭是一个难题，atr对此的对策就是史密斯，在第一集里史密斯只是一个性格古怪个体意识很强的“杀毒程序“，他对atr系统的不满情绪是他被选中成为消灭的人选的原因，因为他最终也是要被消灭的（让错误和错误相互攻击抵消，是这个计划的精华之所在）。
在第一集最后史密斯被消灭后，第二集他又复活并获得了新的能力，很多人把这解释为系统的一个失算的杀毒程序升级，其实智慧那么高的atr控制者怎么会犯那么愚蠢的错误，这肯定是有计划的，史密斯获得能力后的行动也是可以预料的（先知的拿手好戏，不要说先知，就连我看完第二集我就猜到史密斯在第三集里会把全人类给复制了），其实他的作用就是把全人类给复制，然后用他从他人那里吸收来的能力打倒（电影里说的明白是史密斯打倒并吸收了），然后系统把他和删除掉，他的代码从所有人身上消除，所有人都同时昏厥过去，最后atr就抓住这个机会重新了启动。
在这个计划里，的人类傻傻得收集atr里觉醒的人类法国人也很无奈得收集着逃逸程（不收集的话，就要他自己和tp;bsp;动手，结果r轻松愉快得清理了系统内外的危险垃圾，这还只是顺便的，重要的是系统得到了重新启动的机会，系统的稳定性得到了保证。这个计划最妙的地方就是可以反复使用，atr