虽然他的下属官员和各地府县的主官，乃至几个巡抚都各有意见，洪承畴还是选择了一个最有效率的做法。
洪承畴在凤凰山选择投降的流贼之中，又挑选出了四百多名狰狞剽悍的贼寇。之后在三边总督的命令下，这些凶狡的老贼们被全部诛杀。而剩下的其他人，则是被洪承畴各自分散遣返各地。
虽然再次使用杀降手段的洪承畴，受到了一些人的议论。不过大多数深受陕西贼乱之苦的人，都认为三边总督的做法很对。所以此次洪承畴背负的压力，并没有之前进行杀降时那么大。
而且之后被遣散的其他贼寇，也果然没有再次聚集起来造反。洪承畴因此骄傲地向远在北京的朝堂诸公以及圣上报告道，自此陕西无贼。