今宜加造船费每艘银二十两，而禁约运官及有司科害搜检之弊，庶军困少苏。”
诏从其议。五年，户部尚书叶淇言：“苏、松诸府，连岁荒歉，民买漕米，每石银二两。而北直隶、山东、河南岁供宣、大二边粮料，每石亦银一两。去岁，苏州兑运已折五十万石，每石银一两。今请推行於诸府，而稍差其直。灾重者，石七钱，稍轻者，石仍一两。俱解部转发各边，抵北直隶三处岁供之数，而收三处本色以输京仓，则费省而事易集。”从之。自后岁灾，辄权宜折银，以水次仓支运之粮充其数，而折价以六七钱为率，无复至一两者。
先是，成化间行长运之法。江南州县运粮至南京，令官军就水次兑支，计省加耗输挽之费，得馀米十万石有奇，贮预备仓以资缓急之用。至是，巡抚都御史以兑支有弊，请令如旧上仓而后放支。户部言：“兑支法善，不可易。”诏从部议，以所馀就贮各卫仓，作正支销。又从户部言，山东改兑粮九万石，仍听民自运临、德二仓，令官军支运。正德二年，漕运官请疏通水次仓储，言：“往时民运至淮、徐、临、德四仓，以待卫军支运，后改附近州县水次交兑。已而并支运七十万石亦令改兑。但七十万石之外，犹有交兑不尽者，民仍运赴四仓，久无支销，以致陈腐。请将浙江、江西、湖广正兑粮米三十五万石，折银解京，而令三省卫军赴临、德等仓，支运如所折之数。则诸仓米不腐，三省漕卒便於支运。
岁漕额外，又得三十五万折银，一举而数善具矣。”帝命部臣议，如其请。六年，户部侍郎邵宝以漕运迟滞，请复支运法。户部议，支运法废久，不可卒复，事遂寝。
临、德二仓之贮米也，凡十九万，计十年得百九十万。自世宗初，灾伤拨补日多，而山东、河南以岁歉，数请轻减，且二仓囤积多朽腐。於是改折之议屡兴，而仓储渐耗矣。嘉靖元年，漕运总兵杨宏，请以轻赍银听运官道支，为顾僦舟车之费，不必装鞘印封，计算羡馀，以苦漕卒。给事、御史交驳之。户部言：“科道官之论，主于防奸，是也。但轻赍本资转般费，今虑官军侵耗，尽取其赢馀以归太仓，则以脚价为正粮，非立法初意也。”乃议运船至通州，巡仓御史核验，酌量支用实数，着为定规。有羡馀，不输太仓，即用以修船，官旗渔蠹者重罪。
轻赍银者，宪宗以诸仓改兑，给路费，始各有耗米；兑运米，俱一平一锐，故有锐米；自随船给运四斗外，馀折银，谓之轻赍。凡四十四万五千馀两。后颇入太仓矣。隆庆中，运道艰阻，议者欲开胶莱河，复海运。由淮安清江浦口，历新坝、马家壕至海仓口，径抵直沽，止循海套，不泛大洋。疏上，遣官勘报，以水多沙碛而止。
神宗时，漕运总督舒应龙言：“国家两都并建，淮、徐、临、德，实南北咽喉。自兑运久行，临、德尚有岁积，而淮、徐二仓无粒米。请自今山东、河南全熟时，尽徵本色上仓。计临、德已足五十馀万，则令纳於二仓，亦积五十万石而止。”从之。当是时，折银渐多。万历三十年，漕运抵京，仅百三十八万馀石。
而抚臣议载留漕米以济河工，仓场侍郎赵世卿争之，言：“太仓入不当出，计二年后，六军万姓将待新漕举炊，倘输纳愆期，不复有京师矣。”盖灾伤折银，本折漕粮以抵京军月俸。其时混支以给边饷，遂致银米两空，故世卿争之。自后仓储渐匮，漕政亦益驰。迨於启、祯，天下萧然烦费，岁供愈不足支矣。
运船之数，永乐至景泰，大小无定，为数至多。天顺以后，定船万一千七百七十，官军十二万人。许令附载土宜，免徵税钞。孝宗时限十石，神宗时至六十石。
宪宗立运船至京期限，北直隶、河南、山东五月初一日，南直隶七月初一日，其过江支兑者，展一月，浙江、江西、湖广九月初一日。通计三年考成，违限者，运官降罚。武宗列水程图格，按日次填行止站地，违限之米，顿德州诸仓，曰寄囤。世宗定过淮程限，江北十二月者，江南正月，湖广、浙江、江西三月，神宗时改为二月。又改至京限五月者，缩一月，七**月者，递缩两月。后又通缩一月。神宗初，定十月开仓，十一月兑竣，大县限船到十日，小县五日。十二月开帮，二月过淮，三月过洪入闸。皆先期以样米呈户部，运粮到日，比验相同乃收。
凡灾伤奏请改折者，毋过七月。题议后期及临时改题者，立案免覆。漂流者，抵换食米。大江漂流为大患，河道为小患；二百石外为大患，二百石内为小患。
小患把总勘报，大患具奏，其后不计多寡，概行奏勘矣。
初，船用楠杉，下者乃用松。三年小修，六年大修，十年更造。每船受正耗米四百七十二石。其后船数缺少，一船受米七八百石。附载夹带日多，所在稽留违限。一遇河决，即有漂流，官军因之为奸。水次折乾，沿途侵盗，妄称水火，至有凿船自沉者。
明初，命武臣督海运，尝建漕运使，寻罢。成祖以后用御史，又用侍郎、都御史催督，郎中、员