在山本拓和小兰在伊豆海滩破完案子后开始享受假期的时候，柯南醒过来发现自己在一个残破的厨房里，身上还被缠着绳子。
“头好晕啊…可恶！对我下了什么mí_yào…”柯南摇摇头不忿道。
柯南站起身来，四处瞅瞅，发现有个窗户就走了过去，从窗户向外看去，发现自己身处在一间旧房子的二楼。
“什么？里还没有宰了他？”
“你不要逼我！上面明明说不能杀他的……”
柯南在想办法的时候，门外传来男女争吵的声音。
柯南走过去透过门上破洞看去，发现那个绑架她的女人和一个穿披风戴高帽的男人。
“不管怎样，他是吃了那种药产生的副作用的特例，应该将他带回组织调查！”那个自称文代的胖女人说道。
“真麻烦！这样我们还得设法带他去组织。”穿披风的男人不爽的说道。
看着门后两人的争吵，柯南心中想到：“原来如此……怪不得只是将我带到这里不杀我，不过那个男人是谁？”
正在柯南想着的时候，那男人转过身来，然而那男人还带着可怕的面具，他似乎察觉到不对，缓缓的朝门走来。
柯南迅速装死，那男人透过刚才柯南看门洞向里看去，文代在旁边问道：“那小鬼醒了吗？”
“还没，睡到正香甜呢……药效似乎还没退……”那男子看着还倒在地上柯南说道，“不过，他真的是工藤新一吗？怎么看都不像啊……”
“是啊，我也还无法完全确定……”叫文代的女人说道，“可是在工藤新一失踪之后，那小鬼就跟着出现在侦探事务所……而且自从他出现后，事务所的办案效率就是莫名其妙地提高了许多……再从他白天逃跑的敏捷身手看来……怎么看都像工藤新一本人！！他一定是喝了组织新研究的毒药，才变小的……”
“喔……你是说当时组织为了灭口而强灌他的那个药啊……但是，那不是杀人毒药吗？”面具男说道。
“所以说啊，我还是不太能相信那药能使人变小……”文代附和说道。
“不然我们就来做个试验吧！”面具男提议道。
“什么试验？”文代好奇的问道。
“组织也有配合我一模一样的毒药…”面具男拿出一盒药说道，“只要把这药给别人试试，就可以知道它到底会不会使人缩小！”
“好是好…但是要找谁呢？”文代有些意动。
“哼哼…就找明天那笔交易的对象…组织要我们等交易结束就马上解决掉那个人…反正他早晚都死…”面具男冷酷的说道。
“可是，万一这药真的能让人变小，那又怎么办？”文代疑问道。
“这还不简单！先当场宰了那家伙…然后，再回头来收拾这小鬼！！”面具男冰冷的说道。
“等等！上级不是说这小鬼是此药产生副作用的特例，叫我们要活捉回去化验吗？”文代疑惑道。
“知道组织秘密的人怎么能让他活着！？”面具男冷酷的说着，“反正早晚都是要解剖，活的死的还不是一样！？到时上级若追问下来，就说是为了防止他逃走，开枪射杀的就好了！”
“可，可是”文代还早争辩，面具男的枪就瞄准了她，只听面具男冰冷的说道：“少啰嗦！这就是我的做法！在啰里八嗦的话…我就一枪毙了你！！”
“我，我明白了…”文代留着冷汗说道。
“你联络他明天交易的地点了没？”面具男收起枪问道。
“联络了，用老办法…”文代回答道。
“嗯，交易时间是下午一点整，晚上好好休息吧。”面具男说道。
看来等了好久听门外没有声音了，就起来从门洞向外看去，发现那两个人都睡着了。
柯南，觉得是他脱身的机会。于是就四处寻找能割开绳子的东西。终于在橱柜里发现了一瓶红酒。于是他用布把酒瓶包住，然后用脚的往地下一磕，酒瓶就碎了。
不过还是出了点意外，发出了一声“磅”的声音。柯南暗叫糟糕，起身回到门洞向外看去，发现没吵醒他们，放下心来，回去拿起酒瓶的碎片将绳子割断。
解开束缚后，柯南开始寻找逃跑路线，发现唯一可行的出路被那两人堵住了。
就在柯南啊焦急的不知道该怎么办的时候，他听到了滴答滴答的声音。循声走过去。发现是那瓶红酒碎了后，红酒渗透地板的声音，由此他发现了一个财务室，想到一个好办法。
第二天早上，当那两个人发现柯南不见了之后，面具男认为柯南还在房间里，就寻找了一番没有找到，因为交易的时间快到了，最后他用枪扫射一番和文代开车走了。
在面具男和文代离开之后，柯南从藏匿的财务室走了出来，拍怕胸脯，让自己从刚才枪声中缓过神来，就准备去找毒药。
仔细的找了许久，并没有找到他要找到毒药，反而很意外的找到了他的手机，同时还从旧报纸和日历的线索中知道了那些人今天交易的地点在米花豪华饭店。
于是他准备去那里跟踪他们的交易，不过在此之前他准备给阿笠博士打个电话。
“嘟嘟嘟…”一声声的忙音，让柯南的心沉了下来，这已经是他第三遍发给阿笠博士电话了，可是都没有人接。
柯南有一种不好的预感，颤抖给小兰打电话……
半个小时后，“混蛋，你倒是接电话呀！你不是很厉害的嘛！为什么不接电话…