另外，谏官与宰相，谏院与政府的矛盾也日趋激烈。在汉代，谏官禹光禄勋隶属于宰相，谏议大夫当然是宰相的下属。唐代，谏官属门下省，仍是宰相的下属，总之是专门向皇帝谏诤过失的。唐制，皇帝朝见文武百官后，通常没有特殊的事情，很快就散朝。散朝后，皇帝另和宰相从容讨论，这时旁人不得参加，而门下省的谏官们独在例外，他们可以随从宰相列席参加，而且规定要有谏官列席。宰相有时不便同皇帝直接讲的话，可以由这些”言者无罪”的谏官来讲。谏官讲的对固然好，讲的不对，也无妨大体，因为谏官的职责就是开口讲话，这样也就可使宰相免同皇帝直接冲突，同时也形成了一种政治上的艺术，即君权、相权之间相互调节。这一关系是：皇帝用宰相，宰相用谏官，谏官又谏诤皇帝。但谏官职权扩大，御史兼领谏职以后，就形成了谏院与政府之间的矛盾，谏官往往不是纠绳天子，而是纠绳宰相。
当然这种制度也有积极的一面，如司马光在同知谏院时，以谏官之职，进行揭露jian邪佞妄，严整吏治。包拯在皇佑二年任天章阁待制、知谏院时，以谏官名义”三弹张尧佐”，就是很有名的事件。但不管怎样，谏官的主要任务应是谏诤皇帝，监察政府有御史台。谏官对政府官员有监察权以后，就形成了台官、谏官共同纠察政府官员，宰相再也不好借谏官之口向皇帝发表意见，谏官反而成了政府的掣肘。谏官、台官也渐渐不分，称呼也逐渐合流为”台谏”。王安石新政的失败，就与谏院同政府丞相水火很有关系。神宗元丰年间(公元1078年)改革官制，废除谏院，正式以左右谏议大夫、左右司谏、左右正言分隶于门下、中书二省，专供谏职，不得越职言事。谏议大夫赵彦若侵御史论事，左转秘书监。
元代废门下省，谏议、司谏、正言也随之俱废，因而未设专职谏官。但御史却承宋制，得兼谏职。
明代亦无专职谏官，而由”给事中”和各道御史兼任谏职，流俗为”给谏”。但实质还是谏官，但纵观历代谏官，可以说明朝的言官最为厉害，这一点无论是朱元璋的时代，还是朱棣的年代都有体现，当然了，最能体现是在后期。
如嘉靖时，《明世宗实录》载，明世宗嘉靖四十五年四月（丙子），公元1566年，升总督三边右都御史郭干为南京兵部尚书参赞机务。升户部右侍郎陈其学为兵部左侍郎兼都察院右佥都御史总督陕西三边军务。
这样，陈其学在五十九岁的时候又获得升迁，由户部右侍郎陕西巡抚升任兵部左侍郎都察院右佥都御史陕西三边总督（节制甘肃宁夏陕西三边，甘肃固原宁夏延绥四镇）。
据《明世宗实录》载，上任之初，嘉靖四十五年五月，兵部就复陕西总督陈其学、巡抚延绥都御史王遴条陈四事：一、添设府同知二员，列御延安驻札榆林，分管边腹城堡不预他务。二、凡总兵衙门原调尖儿手人马查照各堡尽数发回，以后将领务严行操彩，各堡自有精兵，毋得擅自调操抢兑以致单弱。其入卫游兵有逃故者，径于本军户内勾补，果系户绝亦设法召募，务充故额勿得借桃选之名徒坏军政。三、榆镇入卫之兵每营留三百人，以抵蓟镇军门，所抽选操下九百之数，仍准添募游兵二枝以济缓急。四、该镇见有总督抚按等官，遴以边政久犯，欲再遣经略大臣，恐多官事扰不如责成遴等为便。
一个月后，陈其学再奏边防五事：一、调腹兵以补空边，二、视功次以激勇力，三、量缓急以摊军储，四、处供馈以豫冬防，五、备战马以充卫额。陈其学言到：“三边四镇，地里浩渺，兵稀粮少，戎律失弛。仍严革横派，广恤穷军，精察地形，熟演武艺，明斥堠，远哨听，诘奸慝，招投降。凡保障陕民者，罔不尽心以为之豫。”
正当陈其学招募兵马、补充缺额、严肃纪律、整顿军务之时，发生了俺答入侵的事儿。
明世宗嘉靖四十五年七月（丙辰），公元1566年，陈其学刚到任不久，就发生了套虏万余骑由延绥平山墩入寇事件。总兵郭琥屯兵清平堡，以虏众不敢进。虏遂分其众为二，一支奔保安、安定、安塞等县；一支径抵延安府关外。固原总兵郭江副总兵时銮等坚壁不战。三边总督陈其学辩得虏已深入，遂遣都司冯时泰等出边揭其巢，巢陷，至虏急回巢救援。之后的十月，俺答又犯固原总兵官郭江战死。再犯山西偏头关、大同，参将崔世荣战死。
当年的十二月，嘉靖皇帝驾崩。
明朝的言官们真是厉害，他们不打仗，不种地，不做工，专门整人。陈其学就是在陕西巡按御史温如玉和兵科给事中欧阳一敬的