可眼下的事实却是，自北迁之后同盟会就已经失去对临时参议院的控制，沦落为和新中国党抢夺第二大党的配角；而且临时参议院的席位已经被瓜分殆尽，很难找到同盟会扩编的空间。
怎么办？
这个问题自然难不倒宋教仁。他马上就想到了解决办法：联合其他政治力量，尤其是在参议院中占有相当席位的统一共和党。而且与其他政党联合，还可以降低那些同盟会元老对党派的控制力和影响力，增强自己的实力与地位。
可同盟会的那些元老哪个不是人老成精、奸猾似鬼？一眼就看穿了宋教仁“掺沙子”的伎俩，对于改组强烈反对。他们的理由是，同盟会系革命同志数十年留学所成，如今应当以生命维护这一伟大的名号，让它与民国共享荣光，怎么能随便改组呢？大多数普通会员也认为“同盟会”三个字是老字号、金招牌，不应当随便改组。
宋教仁对此予以严词驳斥，认为眼下同盟会流品猥杂、泥沙俱下，内部意见分歧、思想混乱，导致整个党派四分五裂、涣散无力，在临时参议院中影响力甚至不及新成立的共和党、新中国党，其根源就在于同盟会组织庞杂、思想陈旧、革命目标模糊。为淘汰流品、融合新旧，重新振作，并力争在国会大选中获胜，同盟会就必须要改组，而且要尽快改组！
同盟会的元老则反唇相讥，同盟会之前又不是没有改组过。结果怎么样呢？结果越改越乱，越改越差。所谓“流品猥杂，泥沙俱下”、“意见分歧。思想混乱”、“四分五裂，涣散无力”等弊端，其实都是彼时改组所造成的。谁知道这次改组会不会雪上加霜？在结果不可预知的情况下，最好“一动不如一静”！
元老的意见也不是没有道理。事实上，在中华民国南京临时政府成立之时，同盟会确实已经改组过一回，当时改组目的主要有两个。一是由地下转为公开，二是由革命团体变为政党。改组后的同盟会《总章》规定，只要是具有一定知识的成年中国人。赞同同盟会宗旨，由两名会员介绍，经过评议部认可，就可以成为同盟会会员。
那时候革命刚刚取得成功。同盟会员内则是临时政府的总长、次长。外则是各省都督、司长，可谓声势烜赫。热心革命的自然蜂拥参加，趋炎附势、投机倒把的人也想捷足先登，加上入会条件如此宽松，很快会员人数就突破了十万大关。在会员人数骤增的情况下，难免会泥沙俱下、鱼龙混杂。就像《阿q正传》里的赵秀才，用四块洋钱便换到了“柿油党的顶子”。
见大多数会员反对，宋教仁并没有退缩。他一方面宣称改组后的同盟会与之前所持的态度、手段并无二致。牺牲的进取的精神将会一以贯之，不会更改；一方面到处演讲积极游说。争取获得更多支持。尽管宋教仁苦口婆心舌灿莲花，依然有很多人不买宋教仁的账，对改组的认可也仅仅局限于宋教仁所在的同盟会北京本部。而且从整个过程来看，也是宋教仁推动北京本部对改组的认可，北京本部代表整个同盟会表示赞同。
孙中山、黄兴二人作为同盟会的领袖人物，似乎打定功成身退的念头，在此过程中一直没有明确表态，完全置身事外，所有的改组事务完全由宋教仁负责，包括与统一共和党、国民公会等党派的谈判。故而外间有传言说宋教仁此举纯粹是效法宋江，意图架空孙中山、黄兴，然后甩开膀子单干。
在孙黄二人没有出面反对，而且一再表示不愿多过问党事的情况下，这种传言愈演愈烈，甚至部分同盟会会员也相信了。万般无奈之下，宋教仁只好邀请孙中山、黄兴出席改组大会，以此澄清事实，还自己一个清白。
孙中山对此倒没有拒绝，很爽快地答应了宋教仁的请求。在参加五巨头会议期间，专程拨冗参加了在湖广会馆举行的改组大会。这个大会酝酿已久，与会者达两千多人。孙中山在会上发表演讲道：“孙某浪迹海外数十年，所游历的国家不可胜计，然而不管政府是民主的或是君主的，政党总是存在的，而且政府的指导权也总是从这一党转移到另一党的。而我中国在革命以前，有**而无法治，有臣仆而无国民，一切政务都是遵奉君主意志而行事，臣僚之间只有朋党，并无政党。如今革命成功，民国初建，中国才开始有了自己的政党！
“我同盟会成立于前清，因为彼时我国民受人奴役有如牛马，生活困苦不堪，故而孙某提出民族、民权、民生之三民主义，汲汲于推翻与破坏事业。如今民国已经成立，民族、民权二主义大体实现，眼下要务在于巩固共和，实行民生主义。然而建设之事较破坏尤难，必须要联合所有赞同共和的人才共同奋斗，目标才能实现。
“所谓政党者，即国民立党所以巩固国家、代表人民者也。而今我们五党联合，共同为民生主义努力，正符合立党之本意。联合之后的新政党无论将来处于行政地位，还是处于监督地位，总要以利国利民、富国强民为前提。与其他政党之间若是存在政见、行为上的分歧，也要以是否有利于巩固共和、实行民生为出发点，不分敌我，只辨是非。如此，则我中华民国的富强昌盛指日可待！”
虽然改组大会上说是同盟会与统一共和党、国民公党、国民共进会、共和实进会等五党合并，其实随后“全国联合进行会”也加入其中，实际上