由于吴淞战场的损兵折将，再加上大批满清将士染上天花，军中疫情横行，以及豫亲王多铎的病情日益加重，十二月中旬，在豫亲王多铎领着伤痕累累的满清主力北返休整。
表面上，豫亲王多铎自南渡以来，连下南京、苏州、杭州三个重镇，战绩卓著，但实际上，满清有限的兵力主要散布在京杭大运河的沿线城市，而且航道也时时面前着同盟军水师的封锁，在江南抢掠而得的大量钱饷粮食也无法安全运回北方。由于军中尚有疫情，在北京城外，从江南“凯旋归来”的满清将士第一时间被摄政王下令隔离，以免让痘疫天花传入北京城。
至于清军在江南的失利，却被清庭全力掩饰起来。但最终纸是包不尊的，包括贝勒尼堪、满将图赖，蒙古固山额真富喇克塔、马喇希，以及三顺王之一的耿仲明这些主将的折损，让满清军中人心惶惶，甚至连满清高层的诸多亲王贝勒对形势的估计多了几分保守。这使得在天花流行的春季，摄政王多尔兖也放弃了再次兴兵南下的决定。
吴淞之战中，旭卫镇的排队枪毙战术成为一种传奇，这是大明开国数百年来，第一次以纯火器战术对垒满清铁骑的野战冲锋，并且完美了取得了大捷。这不是当初辽东关宁军杀了几百个鞑子就称大捷的战例，而是切切实实地击破了尼堪二千最为精锐的满清铁骑，以及马喇希的一千蒙古兵。这次吴淞大败的贝勒尼堪，因为战败，身残，在北返途中又染上痘疫，绝望之下，自刎而亡。这也为吴淞大战划上了完美的句号。
当满清摄政王多尔兖问及吴淞大战的亲历者满清阿哈的战况详情时，心中越视像慧星一般崛起的高旭为心腹大患“坏吾之伟业者，必为此人也。”
由于吴淞之战的前车之鉴，摄政王多尔兖对于火器的重视达到前所未有的程度。他下令调集大批火器工匠，研制自生火铳，同时也实行火炮轻型化，机动化。自生火铳的燧装置没有什么技术壁垒，而且在明末这种自生火铳早就出现了，只是明军因为各种原因没有遍及而已。至于火炮铸造，满清向来看重，到了明末，满清的火炮数量已大大过了明军。
只是北方连年灾祸，钱饷缺乏，没有江南的财赋支持，满清想要坐稳天下，谈何容易？
正所谓，江南不定，满清则无以定天下。
在同盟军的崛起之中，大量的清的绿营汉军成为同盟军一步步走向胜利的垫脚石。比如弘光朝江南四镇之一的刘良佐，以及黄得功麾下的田雄、马得功部，这些人马的先后覆灭，为那些投靠满清的绿营将领们敲响了警钟。
满清主力南下的折损，看在这些绿营军的眼里，那种骨子里的畏满心理消弱不了。满清铁骑天下无敌的神话，就在吴淞城下，被旭卫镇一鸣惊人的枪炮硬生生的打破了。此战带来的结局之一，就是越来越多的卖身投鞑者心起观望。这使得同样身为江南四镇之一的绿营将领刘泽清的心理也是蠢蠢欲动起来。
至于在南京城内，由于同盟会的秘密渗入，越来越多的南明降臣获悉了被满清江南总督洪承畴压下的吴淞大捷的详情，还有柳如是为的这些秦淮名妓的暗地支持，在城内，同盟会的地下活动如鱼得水，城外，各村名各镇的乡民在同盟会的鼓动下趁机起事，而南京的满清兵力空虚，城内城外，已是一片风声鹤唳之势。
随着博洛主力不堪天花痘疫的袭击，在江南水网密集的地区，钱粮后勤的运输又被同盟军骚扰打击得寸步难行，而且面对改建成棱堡式的嘉定、吴淞两城束手无策，不得不撤军之后，在十二十旬，高旭下令同盟军起了反击攻势。
自此，在江南最富膏的苏、松、常三府，清兵只是龟缩在运河沿线上的苏州、无锡、常州三城之内，其它苏、常两府的江阴、常熟、昆山、太仓诸县，以及松江府全境，都在同盟军的控制之下。
在隆武元年年未，经过半年多的浴血奋战，高旭终于实现了他的以崇明岛为基地，以沿海、沿海为动脉，以小城小县为支点，大兴堡垒，步步为营，一步步向内6蚕食推进的战略目标。
松江府全境光复之后，高旭大力修缮黄浦江畔上海县的城墙，加强城防，把府治中心从原先的松江县移到上海城，又在嘉善、金山、青浦、华亭、浦东等地增修堡垒，倾力把上海府打造成同盟军的第一块6上根据地。
其实有了李元胤这个内应，高旭可以一鼓作气地攻下苏州城，而且挟着大胜之威，持续收复无锡、常州两城，一口气光复苏常两府，但高旭暂时强压住这个诱惑。有时候，军事上的胜利不难取得，难的是如何稳定地治政当地，稳固统治。摊子越大，责任越大，暂时来说，光是收复了松江府，足够让高旭好好地消化了。
接下云高旭迫切要做的是，在安全上，扩修堡垒，把松江府打造得固若金汤，在治政上，他要把同盟会的诸多新式措施试点推行，为将来同盟军的会社统治设定一个标本模板。
在展模式上，高旭的战略与当年历史上的郑成功没有实质上的区别。两者都以海起家，一个凭着沿海的金、厦两岛为基地，一个以长江口的崇明岛为基地，都是凭着相对于满清有着绝对优势的水师作为立足之本，都是凭着海上贸易挣取生存空间。但与郑家军不擅6战不同的是，同盟军有着无比的6战优势。
这得益于高旭抓篆南反抗剃令